江苏省通志稿大事志 - 第 126 页/共 182 页
八月壬戌，御史朱文科巡按应天等府。
九月甲申，南京右都御史傅颐为南京户部尚书。戊戌，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾奏言：留都根本之地，且陵寝所在，关系尤重。原额军不下九万余名，马五千一百余匹，仅足防御。今军止二万二千名，马二千九百余匹，比之原额消耗已多。矧值闽、浙警报，壤地相接，守备单弱，实所当虞。宜如体乾等议，选各卫丁随伍操练，照给全粮；动支贮库草场银两，买马六百匹应用。”从之。甲辰，河道侍郎万恭奏：“今岁七月，黄河水涨。徐州黄水骤发，阅月方始归漕，皆故老所竞言未见者。因自称调度机宜，合房村堤一百余丈，正河千里安流。通茶城口淤一十余里，回空千艘速出。仍开国初以来治河之法及今所探各处浅深以闻。”疏下工部。丁未，工科署给事中朱南雍参河道侍郎万恭言：“防河甚于防边。为河臣者，事必预报庙堂，方可据以处分；功必实图国计，方可藉以利济。臣备访河务，咸谓茶城淤塞二十余里，万恭起夫数万，挑浚罔效。回空粮船数千，阻泊于上河者，不下五十余里。幸黄水旁冲小沟，恭督军民拖泄空船从小沟出，日不能七八只。正河仍未开通。今据恭奏谓，河通于九月十二日，距恭具疏时，才五日耳。纵神运鬼输，焉能于五日间，尽回数十里粮船。始之失事，既属隐蔽，今之奏词，又属朦胧。弥缝一时之失职，侥幸后日之成功。且不图目前之难，而谈古法之沿革，不虞上流之塞，而计下流之浅深。恭盖曰，河道通塞，自古已然，下流俱深，一浅何害，又何莫非掩过幸功之心。夫今岁南回之空船，即明年北上之重船，使茶城一日不开，则空船一日不下。明年之运，将有欲早而不可得者。乞敕令万恭戴罪管事，悉心河务，以赎前愆。”工部复亦罪恭。下严旨，切责之。
十月癸丑，升光禄寺卿路天道为应天府府尹。甲寅，设厂于瓜、仪，改造江北、南京各总浅船。
十一月壬午，河道侍郎万恭奏：“江南运道，延袤八百余里，每岁夏初开运，河水充溢，运道无虞。今改于年前十二月开帮，正属各河浅滞，诸坝断流，京口封闭之侯。挑浚工费动以数万计，仰给导河银，是以杯水救车火，且病农病商。派夫于丁田，则病民；借办于铺行，则病商；取给于协济，则病邻，俱属偏枯，非久计也。查江南漕粮凡二百万石，每石旧带征雇船脚米七升。近瓜州建闸，运船径抵水次交完，此米遂蠲。宜仍每石征一升，岁折银一万两，查各府河务轻重，分发守贮，名曰运河银。凡遇漕渠挑浅、筑堤、建闸、修坝、雇募夫役、买办什物、一应工费，悉于此项内动支应用。再不干扰农商，贻累邻境。以瓜闸所省江南之费，为江南运道通融之用，似为长便。”下工部复。行之。
十二月庚申，升广西左布政使杨成为应天府府尹。壬戌，巡按苏松御史李学诗荐境内人才，特疏请还胡涍。诏报：胡涍逆臣，未正国法，李学诗朦胧荐举，且不究。再有树党引荐者，并胡涍一并拿来重处。
二年正月戊子，兵部复：“操江都御史董尧封奏：留都根本重地。自应天至九江延袤一千一百余里，寇盗出没不常。本官巡历有期，稽查不给，将应天等府治中、同知不妨原务，责令专管江防。”从之。
二月己巳，巡抚应天张佳胤调别用。壬申，户部复：“两推巡盐御史王琢玉条陈二事：一、停存积以塞壅滞之源。方今边商开派利少而难于召纳。淮商守候日久而不乐接买，故引日存积，盐法壅滞。合自万历三年为始，将两淮存积暂停十万五千七百余引，其边储应补银五万余两，合于太仓措给。至万历六年以后，照常开中；一、开屯积以浚壅滞之流。先年，江西、湖广王府、势豪人等，收积商盐，坐索高价奉旨严禁，有司遂不问良善豪恶，概为禁止。致水商盐船不得整发，仪真日渐萧条。仍行各地方，如有铺户，听其囤积，但不许势豪梗法。”报可。乙亥，大理寺少卿宋仪望为都察院右佥都御史，巡抚应天。
三月丙戌，工部复：“河道侍郎万恭议处河漕四事：一议疏治茶城淤浅。茶城当漕、黄之会，培筑小堤，预作小河，宽止数丈，以为速水之计。其夫役取之徐州洪夏镇督发，不必更烦经费，一议修复镜山闸一座。镜山旧闸，锥探至二丈五尺，杳不可寻。合相度地势，从新创建。复自两边各筑一堤，东抵山冈高阜，西接黄河缕水长堤。水发可闭闸以遏洪流于两堤之外，水落可放水以冲积沙子方淤之初。待运尽之日，并力兴工，毋得延迟；一议保护房村一带堤岸。徐、邳南北两岸新堤，束水中流，以防溃决。但河形曲直不同，急流扫湾之处，伏秋水发，不无冲决，而房村以上为甚。合应正堤一带，大加帮筑，急溜去处，创建遥堤。及责由浅以下，旧有遥堤者，一并加培高厚。但诸臣集议，欲于黄钟集之上分水，由符离集出小河口。窃恐有并行之河，决无两盛之理。万一全河弃旧奔新，径趋符离集，则镜山上下四百三十里，将为陆地，嘉靖甲子之患可鉴也。前议亟宜停止；一议接窑子头古堤。先年黄河北徙，溢入运河为患，接筑前堤，彼一时也。近自接连缕堤头，通筑长堤，黄水再无空隙可以北徙，前项似可省筑。惟镜山至留城一带，东堤内束河水，外障河波，往来牵挽，自必由之。现今冲坍数多，相应加筑，其砀山县陈益口新冲决口，永禁筑塞，使黄河水发，岁岁分泄，以图永利。”如议行。己亥，刑科左给事中郑岳奏：“国家借黄河为运道，上自茶城，下至淮安，五百余里。乃茶城有倒淤之患，徐州有淹城之危，邳州有淤塞决口之虞，稽之历年可考也。臣去年奉差经过淮安，正值水发之候，民居飘荡，询之地方父老，皆言自嘉靖四十四、五年河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今则高与山等。此沙既壅，自淮而上，河流不迅，泥水愈淤，其邳州之浅、房村之决、吕梁二洪之平、茶城倒流之弊，皆由此也。今不务海口之沙，乃于徐、沛、吕梁地形高处，日筑堤岸，以防水势。桃源、宿迁而下，听其所之，则水安得不大，而民之为鱼，未有已时也！臣闻之恻然。曾见宋人李公义、王令图曾献浚川耙法，以圆木八尺横于中，以铁为齿，齿列三行，两端有轮，以舟驾之，行浅水中，舟过则泥去。此古人已试之法，试仿而用之。能疏淮口横沙，而去其最下之塞，则徐、淮自无淹溺之虞；能疏吕梁积淤，而得其高低之形，则茶城自无倒流之患。此固言之可采，理之必然者。”工部复议：“咨河道侍郎亲诣海口，踏勘具奏。”从之。辛丑，工部复：“河道侍郎万恭题，瓜州花园港等处，原议建闸，盖俾江南粮运可以直达，免盘剥之费也。自隆庆六年，花园港猪市上、下闸成，迨今二载，粮艘无滞，省民间不赀之费。但上闸重建方毕，而下闸冲啮尽坏。合行河道侍郎将瓜州应改下闸及詹家洲应建中闸，作速兴举，并汊河扬子桥，亦于明年接续修建，以收全功。其江南应该协助修闸银两，严行追解济用。”从之。
五月乙酉，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾等题，南京锦衣等卫、所快船及江淮二卫马船，差拨虽均，但快船掌驾取诸各卫军余，委属调敝；马船水夫原有本等工食，似可通融。议将快船裁减一百五十一只，内二十一只径行停止，其一百三十只，改入江淮二卫，以准马船。即以现在及添募水夫，拨领掌驾。其工食口粮并哨总等官廪给，悉照浦子口兵船事例处给。”从之。
六月丙午，户部复：“南京户部尚书傅颐等题，南京锦衣等卫所，新收军士九千五百余名，每年约用银九千余两，米九万余石。今南京库银积贮颇多，虽增新军，折色支用有余。其粮米当于万历三年秋粮内，派浙江二万五千石，江西四万五千石，湖广二万石，径解南京户部交纳，以备增军之用。”报可。丁未，总督漕运、副都御史王宗沐题漕务二事：“一、定期限以图善后。今岁漕舟，正月终已悉抵镇江，盖事体初复，人心竞奋，然不可为常。议定以三月终尽数过淮，以一月为黄河逆溯之期，则四月终可悉过洪，不与黄水相值；一、禁军士以戒不虞。祖宗以十二万军士，岁运于中原，自有深意。但群聚起争，不免贻祸地方。凡军船赴水次领兑，止许一旗一纲，跟同运官赴仓，其余军士，不许私自上岸。”乙卯，户部复：“两淮巡盐御史王琢玉会同抚按官王宗沐等题，淮北堆盐地方低洼，每被淮水淹消，损商启弊。今议筑堡围护，合用工价银一万一千四百四十八两零，应于淮字各单每引带盐二十斤，纳银一钱，充为工费。”从之。壬戌，兵部复：“巡抚应天都御史宋仪望题，修理句容县旧设巡抚衙门，为巡抚驻扎。春、夏巡历苏、松等府，以防海汛；秋、冬巡历徽、宁等府，以肃地方。”从之。南京刑部尚书戴才改南京兵部尚书，参赞机务。庚午，陕西左布政使侯东莱为应天府府尹。起原南京工部尚书林云同为南京刑部尚书。
七月癸酉，户部复：“南京户部尚书傅颐题，南京二总运军行粮，改于水次兑给，诚为二便。但其数多寡，该部无从稽考。至耗米、席、驴、脚等项，但系正额正米，既兑给军旗，前项俱无下落，亏损甚多。合行漕司每年给发全单，先期咨报该部查处。耗米等项，除给军外，其余解南京，并行查以前混支米扣、米银及松江府以麦银径作行粮、华亭县以南粮擅放外卫官军，俱听该部查复议处。”报可。丁亥，南京工部尚书刘光济改南京吏部尚书。癸巳，吏部听选岁贡生许汝愚上言：“东南运道，水势之涩、莫甚于丹阳；地势之高，莫甚于夹港。国初于此置为闸者四：曰京口，曰丹徒，二闸居上，以防三江之易涸；曰吕城，曰奔牛，二闸居下，以防五湖之易泄。自丹阳起，至镇江蓄为湖者三：曰练湖，曰焦於，曰杜墅，以济漕河之用，遂免海运之艰。而于四月交兑，五月过淮，维时雨泽大降，江潮盛行，不假湖水亦足以济。岁久，延袭居民，侵为田亩。焦、杜二湖，俱为旱麓，仅存练湖，犹有侵者，而四闸俱空设矣。今改为十月临仓，雨泽既少，江水枯落，不免剥浅胶涩，才数十里之区，有阅三四月而不得尽达于江者。虽添设攒运，枉费推挽，而开河之议起矣。夫夹港两岸，高者数十丈，而河仅阔数丈许，下之开凿愈深，则上之塌坍愈速。频冬役民以浚之，春来淤塞如故。年年兴此大役，民何以堪。为今之计，莫若修三湖之故址，就四闸之完基，蓄泄以时。下修吕城、奔牛二闸，以待粮运之入，上修京口、丹徒，以待粮运之出。况乎上流既溢，则奔牛而下，又何不通之患哉。破此说者，必以淹没民田为辞，不知前此占湖为田，今仍旧修葺，非废田以为湖也。即欲补此数顷之田，则沿江一带新涨常稔洲田，无虑千顷。民方争佃，构讼不息，且其皆隶于丹徒，以此相易，不亦可乎？年年官司欲兴水利，辄为豪富破害，遂以湖浅河长为解。试并修三湖，而于丹阳水关下板，则河如此其长，湖亦如此其阔，宁有不足之理！此皆上下习见而缄口不言，则利害之心惕之也。”工部复，行彼处抚按踏勘具奏。从之。
八月甲辰，户部复：“总督漕运都御史王宗沐奏请事件：一、禁军士以戒不虞；一、复军船以苏疲困；一、折脚米以济修船，俱如原议。其定期限以图善后议，以三月过淮者，仍限二月。”乙巳，汪宗伊为应天府府尹。丙辰，以盗劫芜湖县库，查处地方失事官员。奉旨：操江都御史董尧封降一级，调外任；巡抚都御史宋仪望，到任未久，着戴罪立限捕贼；各巡按、巡江御史，候差满之日，都察院从公考察。
九月甲戌，豁减镇江丹徒、丹阳、金坛三县及常州靖江县钱粮，以水旱灾伤，从巡抚应天宋仪望请也。丙子，工部复：“工科给事中吴文佳言，茶城，黄、漕交会，数千粮艘，皆由此一线之路。如数十里之茶城一淤，即百计疏通，无救旦夕。查得先年总理河道都御史翁大立建议，欲从子詹山、梁山至马家桥，上下约八十余里，另开新河，置旧河于堤外。凡黄河出口之地，并不相及，而波涛可避，良为得策。但称田梁之下，张孤山之东，内花山之西。新冲河形，南出戚家港，会于黄河，亦可通舟。因势利导，就下为川，颇与原议稍异。宜令总理河道等官亲诣茶城踏勘。”从之。
十月己未，赈恤徐、淮等处灾伤，准留漕粮一十六万余石，银六万余两。壬戌，以原礼部尚书潘晟为南京礼部尚书。甲子，提督操江兼管巡江、永康侯徐乔松，革任闲住，并张应宿革任、朱正色等提问。以南京刑科杨节奏其芜湖失事也。丁卯，总督漕运都御史王宗沐议：“徐、邳民俗犷猂，盗贼充斥。盐城地滨江海，盐徒出没。将韩荣改为徐、邳参将，专驻徐州，往来邳、宿；丁介夫改为盐城守备，常川操守。六、霍等处矿山，徒众垂涎，虽有巡山官兵，漫无统纪。合将麻埠巡检裁革，设立把总，率领兵勇，擒剿矿徒。”部议俱依议行。
十一月壬申，以保定侯梁继璠为南京提督操江兼管巡江。壬辰，两淮巡盐御史王琢玉言：“查过吕、四等三十场，灾伤十分、九分被灾极贫灶丁七万六千七十三丁，次贫丁六千三百三丁，已发银二万两赈济，止可济秋冬之急。若明春青黄不济，尤为可虑。议请于今余盐银内借留三万两，以待来春接济。”部复，从之。
十二月辛亥，户部题准：预开淮、浙、山东常股存积盐一十五万八百七十三引一百八十五斤，共银五万一千七十二两四钱六分。甲寅，应天巡抚宋仪望言：该镇兵力单弱，粮饷缺短，战守之计，尚多疏略，条议五事：“一议更置将领。吴淞一镇，兵船聚泊，乃水陆折冲之区。副总兵驻扎，南可以援金山之急，北可以扼长江之险。所统六路官兵，约计一千八百员名，而川沙堡、宝镇堡及一应水操官兵，悉以隶之。金山乃三吴之外屏，刘河为苏州之门庭，宜以参将移镇金山，游击移镇刘河。至常、镇参将，原非要害，当议裁革。仍更置守备一员，就驻杨舍，互为策应；一议处粮饷。苏松一镇，自倭患稍宁，客兵题革之后，又经量议增兵，以定战守。大约每岁计该饷银十三万八千二百四十一两九钱，应坐苏、松、常、镇四府照粮加派，一议增戍孤镇。金山一镇，孤悬海边，接近浙海，为三吴外屏。今更置参将，其兵仅以千计，万一有警，即悉城中老弱登埤以守，未充其半。欲增募客兵，则供饷难继。宜行应天十府一州各衙门，问拟军犯遣发该镇，以充营伍；一议兵船器械。福仓大船，长巨高坚，破浪乘风，摧拉甚易。每船定价至四百余两，岁用二百三十六只，每年打造不过三十六只，余皆雇募民间，颇为便宜。其各船之兵，于崇、靖两县沿海居民，按图挑选，尤为易集。一应军器，若发贡佛郎机之类并火药，俱各将官自行制造，庶乎可用；一议明事权。令把总等官，听副总、参、游节制。参、游等官听副总官节制，敢有抗违者，许以军法从事。副总官比照行部事例，不时巡历，必使体统尊严，事权专一。若州、县佐二等官，品级相悬，体统攸关，在道必避，在庭必参。如敢倨傲凌肆，许即揭呈提究，庶名分不乱。”户、兵二部各复，依议行。
闰十二月乙亥，升徽州府知府崔孔昕为两淮盐运使。
三年正月辛丑，扬州、镇江府地震。癸丑，巡按直隶监察御史邵陞疏言：“苏、松、常、镇等府，宪臣久缺，水潦频灾，节年逋赋，难以逼追。乞于考成簿内宽限，节次完销。”事下工部。于是工部条复：“以逋赋久近，上供缓急，分别酌量，仍立限催督，违者查参。”诏如议行。甲寅，先是巡抚凤阳都御史王宗沐以淮、徐地方，素多奸豪，恐其啸聚，乃令军门捕盗郭宗抚访求侠豪巨室，计得三百余人，加以义勇名色，责令捕盗。约以有功，则为奏叙。其后义勇王忻等，果有缉获。至是，宗沐为请升郭宗抚把总，王忻等各给与冠带。兵部复疏：“以所虑为盗之人，即用以治盗，诚救荒安民，弭怨销衅之良策。”从之。已未，议修理南京内府门殿、库藏。议者以为累朝明禁，无容轻议，惟奉先殿享祀列圣神位，武英殿奉太祖、成祖御容，大庖厨为进供日膳之所，及诸紧要库藏所，宜及时修葺。于是南京工部尚书刘应节上言：“南京为祖宗创业根本重地。自成祖定鼎幽燕，南京大内，遂为虚设，禁令勿修，允其自坏。先朝深意，未易窥测。然臣等之愚谓有不必修者，有必不可不修者，似未可漫无分别，一概停止。如系内外出入之防者必修，外围皇墙、内围禁城是也；系享祀供膳之所者必修，奉先殿、武英殿、大庖厨是也；系钱粮积贮之所者必修，承运等库是也；系官军驻扎、官军宿卫之处必修，光禄寺、尚宝司、六科、监局及宿卫等房是也，系臣民观瞻之重者必修，东安、东华等门是也。今各衙门公署已经题修二殿，大庖各库，见有今议，而独东安、东华等门及宿卫处所，议者未及。恐倾颓日甚，一望丘墟，非所以肃观瞻重根本也。但钱粮诎乏，工料难办，或俟别项倒塌，重行拆卸，移取无用，以修有用，庶为两得耳。”疏下工部。
二月甲戌，南京兵部尚书刘体乾以浦子口城垣濒江冲塌，议募水兵四百八十名守之，属江、济二卫，入册工食与马船水夫一例。又议减锦衣等卫快船一百三十只，改为马船，以现在水夫通融差拨，内有不足，量募新夫，必壮丁习舟任战者，方许应募，春秋掣取教练。童欲藉水夫之工食，为水兵之调度，而马船骤增，二卫苦之。又水夫向听差拨，骤闻教练，遂生骇怨，相与围劫千户高隆。意议出自隆也。南京兵科王颐言其不便状。下部复议。于是甫京兵部尚书戴才以浦口原系陆营，欲改水兵为陆，马船第增九十只，裁旧船水夫十八名为十六名，以所裁名数，派驾新船。尚有不足，另行招募，但听差拨，不便操练。议上，兵部复奏：“马船之议，业已妥确。惟水兵改陆，则彼五卫之众皆焉往？陆则本城之操军，隔江则操江之水军皆焉用，而更增此四百八十人为哉？若云已集之兵，不可复散，新改马船夫额尚少，那彼就此可也。”上然之。辛卯，南京大理寺右寺丞雷稽古为应天府丞。戊戌，总理河道、都察院右佥都御史傅希挚上言：“治河当视其大势，虑思务求其永图。顷见徐、邳一带，河身垫淤，壅决变徙之患不在今秋，则在来岁。幸而决于徐、吕之下，犹可言也。若决于萧、砀之上，则闸河中断，两洪俱涸矣。幸而决于南岸犹可为也，若决于北岸，则不走张秋，必射丰、沛矣。臣日夜忧惧，悉心讲求，禹之治水，顺水之性耳。今以资河为漕，故强水之性以就我，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。泇河之议，尝建而中止，谓有三难。而臣遣锥手、步弓、水平、画匠人等于三难之处，逐一勘踏。起自上泉河口，开向东南，则起处低洼，下流趋高之难可避也；南经性义村东，则葛墟领高坚之难可避也，从陡沟河经郭家西之平垣，则良城侯家湾之伏石可避也。至于泇口上下，则河渠之深浅不一，湖塘之联络相回，间有砂礓，无碍挑挖。大较上起泉河口，水所从入也，下至大河口，水所从出也，自西北而东南，计长五百余里，比之黄河近八十里。河渠湖塘，十之八九源头活水，脉络贯通，此天之所以资漕运也。昔尚书朱衡之开新河，都御史潘季驯之开邳河，权救一时，其情事忙促，工费浩大，难尽名言。今虽尚幸无梗，然相时度势，要之不免卒有不虞，而后竭天下之财力，以通咽喉，何啻如新河、邳河情事之汹汹面巳哉！若将十年治河之费以成泇河，泇河既成，黄河无虑塑决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑难险矣，运船无虑漂损矣；洋山之支河可无开，境山之闸可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍。今日不赀之费，他日所省，抵尚有余者也。故臣以为开泇河便，因列为议工费、酌工程、拟督工、请监工四款上之。”章下工、户二部勘议。
三月丁巳，工科都给事中侯于赵疏言：“开河事体重大，宜行地方复勘。又濒河一带，水灾频仍，大役骤兴，地方隐忧，不可不虑。”户科都绐事中汤聘尹谓：“曩者新河之役，议用费七万，及其成功，殆十倍焉。今日虽议百万，而大役难料，中道难辍，恐不能无倍于初议矣。宜大集心计，博采众思，工费约用几何．支给出自何所，开列奏闻。必储蓄可备六年，然后可下诏兴工。”二疏俱得旨下部。部臣复请会议。上曰：“开河事理，傅希挚所奏，固已明确，但事体重大，不厌详慎。廷臣会议，亦是虚文，甲可乙否，终难成事。命侯于赵亲往会希挚及攒运按臣确议以闻。”
四月己卯，调补江西左参政严大纪为山东左参政，驻扎淮安，管理漕务。甲午，淮、徐等处大水，直隶巡按御史舒螯议：“以为海口淤塞，横绝下流，故淮、扬、徐、邳诸处，频年水害，郡邑几废。宜开草湾、浚洋麻港口、石诸口，以备淮黄之冲。”又欲蠲折粮、留商税、请赃罚、发漕米，以备赈济。总理河道都御史傅希挚谓：“高宝之间，桃花泛涨，陡齐堤岸，宜急捐徐、邳二州河道、船税、堤夫等项银四万，以备修筑。”于是工科给事中萧崇业等疏：“东南咽喉重地，重罹灾变。宿水未消，新涝增毒，蠲恤修筑，以苏疮痍，是或一道也。若开草湾、浚石二策，则未可轻议。何也？泇河之役，国储所关，必不容已。若两役并兴，弛鹜不足，顾尾失首，非计也。宜俟泇河告竣，淮、扬稍稍安业，方可徐图耳。”户科给事中光懋亦言之。事下户、工二部复议。命河漕诸臣及勘洳河科臣，博访群策，议定明白以闻。
五月庚子，先是，元年二月间，徐、淮、扬等处被水灾。抚臣王宗沐、按臣舒鳌、科臣贾三近等俱先以蠲兔、赈济为请。户部复议：“咨行地方抚按，选委贤能官员，从公踏勘，分别轻重，以凭酌处。”又言：“淮、扬等处，蠲免、赈济所费钱粮，总计应征并发去者，无虑五六十万矣。国家经费，各有正项，非专供一方也。虽急缓之势当知，而无已之求难继。且救荒委无奇策，求其策之善者，全赖各该有司，先之以俭静不扰，次之以就地设法。故有富弼则青州不为灾；有苏轼则杭州不能困。若无先事之备，而徒仰给于内帑，不惟缓不及事，以天下之大，尽内帑亦不足以给矣。”奏闻。奉旨：“近来淮、扬地方，无岁不奏报灾伤，无岁不蠲免、赈济。朕奉天子民，一闻百姓饥溺，辄切切于怀，思为亟救。但朝廷设官分职，原以为民。天灾流行，国家代有。若各地方官平时肯着实经理民事，加意撙节，多方设备，即有灾荒，岂至束手无措。今做官者，本无实心爱民，只虚文了事。遇水旱即委责于上，动称危言，以胁制朝廷。及至奏过一番，依旧因循不理，岂朝廷任官养民之意。所奏姑拟勘报议处。着吏部查两府被灾地方，有司官拣有操守及年力精壮者去做，贪酷害民及衰老无为者，即便奏请黜调。各处抚按官俱要督率有司省去繁文，修举实政，多方预处水旱之备。不许但诿之气数，沽名蠲恤，责上市恩。亦不许因此便谓朝廷讳言灾异，壅敝小民疾苦，不以上闻。”
六月己巳，应天府尹汪宗伊迁，吴文华继任。丁丑，裁扬州府驻扎仪真县理盐通判。壬午，改南京户部尚书陈瓒为左都御史，提督两广；殷正茂为南京户部尚书。戊子，换给徐颖海防敕书三道，增入整饬中都留守班军事务，以班政废弛，军多不到者。辛卯，工科都给事中侯于赵等题会勘泇河事宜：“自泉河口至大河口，五百三十余里。内自直河至清河三百余里，自来河道无恙，无赖于泇断在可矣。惟是徐、吕至直河，上下二百余里，宜开以避二洪、邳河之害，约费可一百五十余万金。特良城伏石，长五百五十丈，比原勘多四百七十丈，开凿之力，难以逆料。性义、马陵俱限隔河流之处，二处既开，则丰、沛河决，必至灌入。宜先凿良城石工，预修丰、沛堤防，而后前功可徐议也。”户部亦复如科臣言。又谓正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。奉旨：“看侯于赵等所奏，与傅希挚原议大不相同，傅希挚久历河道，当初若无的见，岂敢谩兴此议。此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平居都会说利道害，沽名任事。及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待转，谁有视国如家，忠谋远虑者。似这等人，如何靠得他成功济事。且泇河之议，正欲遁漕，非欲弃河而不理。今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。今后漕粮开兑迟误，责在漕运；舟行梗塞，责在河道；有旷职废事的，都拿来重处。管河司道等官，都着久任，不许升转。吏部该科记着。”乙未，工科都给事中侯于赵等复议：“淮、扬地方频年水灾，惟在下流壅滞。宜通草湾，以分河流入海之路，开渔沟老黄河，以疏淮、扬涌激之势；浚新洋、石诸口，以济兴盐垫溺之危；筑安东之县堤，以为水趋该县之备。其开浚先后，则欲先草湾、石，而后渔沟，度缓急以舒物力。”俱报可。
七月己未，国初粮运，自仪真抵淮安，谓之里河。俱分入五坝，转盘黄河，谓之外河，不相通。后平江伯疏开清江浦河，由天妃口径通黄河，仍设闸以司启闭。每岁三月以后，粮运过完，即将原闸封闭，隔绝黄水，官民船盘剥如故。其后漕规废弛，闸不能闭，而黄水灌入，河臣乃议塞天妃口，以杜黄水。创开三里新河，设通济闸，以通淮水。其后闸废不修，淮水不息，黄水盛大，淮亦因之，高宝湖堤，年年冲决，盐、兴等处，岁岁被灾矣。至是，御史刘光国议：“以天妃闸地势高于通济，淮水灌滥，多子黄水。谓宜将通济闸及福兴，新庄二闸，增卑倍薄，务令高厚坚固。仍令清江厂分司专司启闭，每五月以后，九月以前，二水盛发之候，严加封闭，官民船听其自行转盘。惟回南空船，每二日启放一次，随放随闭，不许官民船越规擅进，以贻水患。”从之。
八月甲戌，工科都给事中侯于赵疏言：“高宝湖堤大坏，苏、松水利久湮。宜专委任督理，以裨国计。巡盐、巡抚俱难兼管，宜于南京巡江、巡仓、屯田三差，—归并一员专理河。”工部复如议。乙亥，户部题复事干漕务者：“一、给余米，以资回南；一、复抵坝，以守良法；一、报完兑、开帮、过洪、入闸日期，以稽迟误；一、追积欠，以杜侵欺。惟存亡事故者，清查量免；一、责典守，以禁私货，宜自监兑主事始；一、序挨帮，以禁挽越；一、修仓廒，以善积贮；一、改海船，以疏河道。俱载入议单，永为遵守。”奉旨：“黄河广阔，运船取便越帮，利于速进，着照近例行。余依议。”丁丑，河决高邮、砀山及邵家口、曹家庄、韩登家等处。总理河道都御史傅希挚议以高邮决口，当亟筑；砀山决口，当改筑月堤。其他三口，宜留以为泄水之路。工部复：“奏议是不得已而为权宜之术耳，安能必三口之不愈决愈深，而夺正河耶？宜随机相度，近河诸堤，有当增筑以广容纳，或上流有可分杀以减水势，皆当从长计议，无得因循。”奉旨，从之。戊子，淮、扬、凤、徐四府州所属大水灾。户部复：“抚按奏将本年夏季税粮存留者，照例蠲免，系起运者暂准停征，其三年应运漕粮，再准一年改折；各卫屯粮亦视灾重轻，照例折处。其巡抚、巡按、巡盐当年赃罚及徐州商税银两，准留支，以备赈恤。”报可。
九月戊戌，先是，应天、苏、松等府州、县各有弓兵、民壮，前年查扣工食济边。至是，应天以江防增兵，苏松以海防增兵，操江及抚按各具疏请留民壮银饷。部复以银出均徭，无存留之理。但江防缺饷，姑准于民壮银内动支九千三百六十两。苏松近报灾伤，将民壮银内动支一万二千六百一十二两，余尽数解部。得旨从之。己亥，时苏、松、常、镇水灾异常，抚按具疏，要将太仓、华亭、上海、常熟、嘉定、丹徒、丹阳七州、县漕粮改折，并减免应征钱粮，改折三分。从之。壬寅，提督操江都御史何宽奏：“京城内外，原设三大营，以习陆战。又设新江口营，挑选官军一万五千人，驽船三百只，以习水战。今江营兵仅五千二百，占役过半。战船仅四十只，比原额甚远。乞行南京兵部会同将本营额数中有丁者，行卫取补；改差者勒归本营；为事者收复；老弱者选补；逃故者清勾。若一时难以复旧，请量分三营之军，以益江营，使习水战。”部复：“除有丁取补听其径行外，三营之军应否量分江营，宜移咨南京兵部同操江会议停当具奏，以凭议复。”得旨，从之，兵部奏复：“巡按应天都御史宋仪望会同巡按御史邵升条议防倭善后事宜：一、增设游兵，以定邀击；一、定船，以便调遣；一、联陆兵，以防流突；一、核军储，以时支给；一、定举劾，以示劝惩；一、广资格，以需将材；一、联浙直，以定合剿；一、复乡甲，以固人心。”俱依拟行。内承运库太监崔敏等奏：急缺段匹。工部议复：“行应天等处抚按官，动支无碍官银，令有司织造九万七千九百有奇。”南京湖广等道御史陈堂等上疏曰：“昔人有言，天地生财，止有此数，不在官则在民，未有无碍官银之说。无碍之说，起于贪墨之吏，搜括公帑以充之。搜括必加渔猎，渔猎必加科派，科派必加箠楚，此岂陛下所乐闻。兹者每匹估价银一十二两零，应天一府计一十二万两，则各处该银二三十万矣。臣谓科派无辜之百姓，不如取足逋负之顽民。查浙江、苏州等处，拖欠应进京库金花银，共计一百六十余万两。查各抚按赃罚银两，有二三年全不解部者，除二分备赈，四分济边，余系工部额数数。此固户部所本无，又系工部所自出者也。至金花银两，以上用之岁银，供上用之段匹，不必解部，通融织造，可无议加派矣。”奉旨：“段四以备供用，赏赐必不可缺，着照前旨，陆续解运本内。说纻丝罗每匹该价银十二两，其实解进的都粗糙不堪，不值原价三分之一。且不分轻重，一律重估，中间必有冒破情弊，工部看了来说。”庚申，巡抚应天都御史宋仪望奏：“镇江一府，官民田地照亩起科，各有原额，至其瘦田、荒田、芦地、草苗及新垦荡田，共算折实在田八千四百七十二顷九十九审二分零。凡昔时奸民巧立名色，诡避粮差者悉裁革，均为一则。”疏下户部。南京祖陵被风雨损坏坍塌，着本处官修理。刑部右侍郎翁大立为南京工部尚书。
十月甲戌，广西左布政使程嗣功为应天府尹。乙亥，右通政王篆为右佥都御史，提督操江。丙子，尚宝卿陆树德为应天府丞。壬午，总理傅希挚奏．江南运河归水利御史就近统管。部复，从之。淮安分司所属刘庄等十场大水。壬辰，南京都察院右都御史何宽议以巡江、巡仓、屯田三差，惟仓差事稍简。以仓并屯，委不相妨。割屯田所带漕粮，摘付上江御史。其苏、松水利，另给敕印御史一员，钦遵行事。工部复允。兵科给事中萧彦上言治河。大约言：“近日诸议，俱在徐、邳以下，于上流似未之及，但以运道为急，不以淮、泗为念。宜令河道大臣带同熟于河道司属二三人，下沿淮安，上溯潼关，逐日相视。孰可分其流，孰可杀其势，计划定妥，贴图立说，具奏施行。工部复如议。
十一月己酉，原兵部左侍郎吴桂芳总督漕运，巡抚凤阳。
十二月乙亥，南直隶遥抚宋仪望为右副都御史，照旧巡抚地方，赏银三十两，纻丝三表里；副使王叔杲升一级；总理黄应甲升都督佥事；其余将吏各赏有差。论是年四五月间黑水洋斩获倭级功也。
四年正月乙巳，升镇江府知府林应雷为两浙运使。丙午，应天巡抚宋仪望官：“三吴海防，南界两浙，北抵扬州，相去千余里。中惟吴淞至金山三百余里，为倭奴入犯必由之路，而宝镇一堡，更为要冲。但置山不据，而筑堡山外十里，岁仅拨兵三百戍焉。形势既失，兵力又单，寇若据山，建瓴而下，堡非我有矣！今欲移堡依山，戍以协守，计费六千余两，出抚按赃赎佐之，可一年报竣；或移大兵驻防，以控要害；或出海洋搜剿，以立奇功，均便。”从之。己酉，高邮州清水潭堤口冲决。时督漕侍郎张翀以修复老堤工力浩大，数年始可成功。恐新运已临，决口未就，且令粮船暂由圈田里行。而御史陈功则称：圈田浅涩，不便牵挽。外湖水面阔四十余里，风有不顾，必至稽阻。给事中侯于赵亦以两臣持论未决，恐致过淮后期，乞敕所司速议。并欲以淮北运道，专命河臣傅希挚一意经理，务宜时加挑浚，以图万全。从之。督漕侍郎张翀，以修筑宝应堤工，议于江南各府、县，并浙江、江西、湖广每粮一石，加派一斗，折银五分。先于余盐银内借用，候次年征完补解。不许。诏以漕粮脚米六升，每岁计银三万三千三百余两，及蠲免七升内，量复一升，每岁计银一万两，为修筑之费。又命于河道衙门转发修河银五万两。如不敷，或留漕米，或借工本盐银，或山东、坷南香钱例银，及德州仓银，并准凑用。丁巳，命漕运及河道衙门严督郡县将清水潭原决堤口设法堵塞，勿得恃圈田外湖，致稽粮艘。己未，命泰宁侯陈良弼为提督操江。
二月己卯，改南京吏部刘光济为参赞机务、兵部尚书。壬午，改南京礼部尚书潘晟为南京吏部尚书。癸未，总督漕运吴桂芳言：“淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然。盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径。至海拥黄沙，河流泥溢，而盐、安、高、宝不复可收拾矣。国家转运，但知急漕而不暇急民。故朝廷设官，亦主治河，而不主治海。请另设水利佥事一员，专疏海道。而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地方所宜，谋求捷径，如草湾及老黄河，皆可趋海，何必专事云梯。并乞留后帮漕粮五万石，及轻赍内河工银二万五千四百三十余两，以备鸠工。庶淮、河各得所归，运道亦还其故。”下吏、户二部议，悉如其请，并优诏答之。乙酉，命南京铸造万历通宝制钱。改南京工部尚书翁大立为南京礼部尚书。戊子，升户部左侍郎毕锵为南京户部尚书。
三月乙未，两淮盐运御史许三省以淮、扬灾眚，改所属停薪工食于仪、淮二所盐课，每引带盐一斤为额。下户部复，不允。丙午，命南京太仆寺卿何鸣起将所属各府灾伤，分别二等，如高、邳等州，县为甚，江、仪等次之，节年所欠马价银两，或暂免十分之六，以万历八年至十年带征；或暂免十分之四，以万历六年至八年带征。其应天、镇江未报水患地方，仍每年带征三分之一，以万历四年至六年依期征解，毋得轻议蠲免，一概因循。丙辰，应天巡抚宋仪望，议留掘港守备鲁邦于吴淞总镇标下练兵。漕运侍郎吴桂芳言：“高邮西堤，乃永乐间平江伯陈瑄所建，运舸俱行湖内，波涛为患。至弘治间，侍郎白昂议开越湖，中为土堤，东为石堤，二头建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，约成民田数万亩，即今所谓圈子田也。彼时未傍西堤为河，而别作越河于数里内，舳舻安流，军民称便。但河去老堤太远，瞻顾不及，缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中土堤遂溃坏，则东堤独受数百里湖涛，故有昨岁清水潭之决，盖势所必至也。今若尽复白昂旧迹，策非不善，但据估银二十三万有奇，比之白昂所费，尚不及半。诚恐修筑不坚，数年复坏，反成虚费，则不如照弘治间侍郎王恕议，就老堤为越河，只修筑东、西二堤，为费既省，而随堤牵挽，亦可随坏随修。高邮既完，徐及宝应。谨将切要事宜条为四议：其一曰、设处钱粮；二曰、烧采砖石；三曰、分募夫役；四曰、委官分理。”下所司议。丁巳，应天巡抚宋仪望言，增建青浦县城，华亭、上海不得视为秦越。下部议。命河南道御史邵昇巡按淮、扬。壬戌，工科给事中戴光启言：“臣观吴桂芳所奏高邮筑堤一事，窃探桂芳意，若曰三堤并修，一河复旧，良可垂远。第前估工费不足应用，又不便更估。又曰必复康济之旧，非增二十万不济，其意可见。夫图大事者忘小费，佴必过为嫌惮，求目前之苟安。”下部议。
四月戊辰，先是，吴桂芳以议修高邮湖堤，为戴光启所謫。工部议言：“事应复勘。惟是合用砖石数多，采烧、船运，非仓卒可办。所议河南库贮河工银五万两，应即转发。其砖石行各府、州、县如式烧采。至兴大役，应分派各府、县拨夫，一体应役，计时省放。”得旨：“吴桂芳原任扬州湖工，事理知之必真。前已有旨，委任责成，不必又行复勘。余如议。”庚午，漕运侍郎吴桂芳言：“黄河自徐、邳而来，至清河与淮水合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，经淮安新城外河，转入安东县前，直至云梯关入海。近年，云梯关海口沙涌，水势溯洄，河流渐浅。淮安新城外河，深不过五七尺。惟清江浦相对草湾地方，地形低下。黄河屡向冲决，欲夺安东县后迤逦下海，以县治攸关，屡决屡塞，致近年淮、黄交溢。去岁草湾迤东自决一口，宜于决口之西，王家山之东，开挑新闸，以迎扫湾之溜。量长五百十八丈四尺，计土十万四千九十一方，共工银七千二百八十余两，粮米二千八十一石，准银一千二百四十两，总约银八千五百三十余两。其余不通河及河身窄狭之处，逐段估计，通长九千七百二十三丈，计用银六万八千一百五十余两。又两处用管工官一百九十一员，口粮银共一百五十余两，又用水车四十部，共银八十八两，又金城至挂甲墩五港，岸势低洼，应筑束水堤岸一道，合用银四千四百四十余两。应筑决口十八处，约用银五百两，通计该银八万一千八百七十余两。查截留河土、轻赍、折色等银及正耗粮米共银七万四千二百余两，未足九千四百余两，应于盐商修河银内支用。”工部复言：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”报曰：“可。”辛未，命苏、松、常三府白粮，俱各府管粮官督解。从部请也。辛巳，吴桂芳言：“淮、扬水患在下流海口之塞，上游河身之高。欲浚河身，先开海口。臣前开草湾入海，惭有次第，至于河身之高不过积淤不浚，若遇桃花、伏、秋水发，可用混江龙推浚。每岁将浚过河身丈尺，年终奏报。其清河以上邳、徐等城，则责在河臣，浚否惟命。”下工部言：“疏浚兼施，抬河长策，宜令总河衙门一体推浚。”从之。丁亥，淮安府东陬山，漂流朝鲜国进贡夷使梁俊等。上命赏给衣履，押回。
七月壬寅，应天巡抚宋仪望奏：“三吴财用所出，水利最急。自嘉靖初抚臣李充嗣修治之后，未尝大修。沟港日淤，圩埂尽废，旱涝无备，根本之忧，莫急三吴形胜。东南自嘉秀沿海而北，水皆趋松江，循黄浦入海；西北自常、镇沿江而东，水皆趋江阴、常熟。其中太湖潴蓄，汇为巨浸，流注庞山、渎墅、淀山、三泖、阳城诸湖。及开浦引湖，北经常熟七浦、白茆诸港者，入于江；东北经昆山、太仓、刘家河，东南通吴淞江、黄浦各入于海。诸水连络，四向环护，中如仰盂，杭、嘉、常、镇势绕四隅，苏州居中，松江居下，则又为各水所受。故苏、松之利害，视四郡独大。禹疏三江以入海，太湖之水趋下驶急，海潮不船为淤。书曰：‘三江既入，震泽底定’是也。其后民利渐兴，壤为田畴，疏为浦港，淤为洲荡，五谷鱼盐，茭菱芦苇之利生焉。然地力虽辟，水势渐分，江流漫缓，海潮内蚀，而东江湮塞，无复可考矣。吴淞江直贯太湖，径入大海，最为要害，屡开屡塞，费用不赀。考吴淞江旧阔一百五十余丈，今不及旧五之一。其中菱芦丛生，涨滩涌塞，太湖停蓄，势不能尽泄。而淀山、三泖由古浦塘入黄浦者，淤涨尤甚。华亭、上海之间，旬日不雨，河港尽涸，每遇霪滂，则田畴悉淹，害有不可胜言者。惟娄江一道，受阳城诸湖之水以入于海，即今所称刘家河是也。舟楫往来，人力疏导，不至断流。其他港汊，皆为平陆，田地荒弃甚多。迩来，有司将宗人府等粮银尽派荒区，名为缓征，实则拖负。今议者谓浚原，则必修溧阳五堰，以节宣上流初泛之势；开孟渎澡港，以杀导上流往北之路；疏吴江湖口，使太湖积水分注诸湖，疾趋其故道。治委则深浚其入江、入海之路，以决其就下之势；旁通其各港支流，以尽其潴泄之方。今湖荡之水散漫无归，而通海之涂所在皆是。淤抄之害，已见目前。往年治水之臣皆夫动大众，费请内帑，疏浚既起，修筑继之。言事者见久劳工作，功或垂成，辄将应设部臬诸臣尽行论罢，是以功用未数十年而利害或仍相半。今吴淞江开塞靡常，工费不赀，议者不敢任咎。湖荡或种芦苇，或围荡田，所占据者，非势家则豪民也。此皆能惑乱耳目，造为浮言，一或误投，便成鼓煽。臣见兵备王叔杲，忠勤体国，素有心计，周爰咨诹，悉计形便，审察地宜，考古证今，画图帖说，庶几夹策以从，万无一失。至于设处钱粮，稽考工程，酌量缓急，分别年岁，务使农隙无偷安之民，功兴无废业之地，亦令采集众思以报。顷见科臣侯于赵奏请专差御史一员，理三吴水利。臣以为不若设按察司佥事一员，驻扎苏、松，带衔浙省，职掌一应开浚修筑事宜，而总其权于巡抚。”疏下所司，部复：“罢佥事不设，仍遣御史董之。”癸卯，命南京户部借发官军俸粮折银二万一千四百两，给南京工部铸“万历通宝”金背、火漆制钱。铸成，仍以制钱抵还。己未，应天抚按宋仪望、郭思极并参太仓州知州陈大统以参谒出，为奸犯所乘，纵火烧廊，文卷俱毁。吏部复议以请。上曰：“近方严禁掌印官趋谒，而大统故违，卒以失事，降杂职用。仍查提学御史有无先行禁示，并以实闻。”于是提学御史褚铁言：“有司参谒，屡行严禁，大统实未到宜兴，安得捏词饰罪。”下所司。
八月乙丑，草湾河工告成。计河身长一万一千一百四十八丈九尺，塞过大小决口二十二处，募过人夫四万四千名，实用银三万九千六百六十两，粮四万六千一百七十二石，准银二万七千七百两。以二月二十日起工，本年六月十二日报完。叙总督吴桂芳等功。壬申，苏松兵备副使王叔呆擒献海寇严大拜等，命枭之。甲戌，巡抚应天都御史宋仪望奏：“烧造高宝河堤砖价，缺银四万八千有奇，乞动支新河、临德二仓麦折等银。”工部以事关户部，当下户部议。户部谓：“河工专属工部，前奏留各项银一十一万五千八百六十两有奇助工，已为破格，岂可再援格不行。”乙酉，巡按直隶御史王晓言：“两淮盐至仪真则解捆小包，盖因江西、湖广行盐地方多山僻小县，河路浅狭，船小包大，承载为难，势不得不解包就船，水陆均便。今闻有解捆之禁，皆逗留观望，莫肯承买。商既苦之，而仪真地狭差繁，小民亦以解捆觅利度日；每年解下大包名曰潮包，南京下关民用沥灰卤，每一包官税银四厘，岁得二千余两解部。今如停止，则措解何从；高邮等州县粮田，常为水啮，民以织包为业，代纳粮差。一旦禁不使行，手足罔措，凶荒相迫，可为隐忧。商困民穷，国课难办。若虑夹带，则宜酌定盐数，每大包盐若干，折改小包盐应若干，登之格册，报掣监御史，据册验掣，自难容奸。况私盐之弊，多在兴贩之徒，商人挟千万金重资，必不以数金小利甘犯没官之律也。”下所司部议，如晓言。从之。丙戌，巡抚直隶御史邵陛言：“淮、徐、扬自海口沙横，河身淤垫，桑田尽成湖泊，钱粮逋负独多。顷开草湾河，导黄、淮赴海，虽当大潮，旋涨旋消，不复停积。数十年鱼鳖之渊，幸有平土。但荒田初垦，收获为难，乞将二府一州所属州县漕粮，分别改折三年。其一切起存钱粮料价，亦命停征，于三年后带补，以示宽恤。”下户部复谓：“河水之患渐平，则剥肤之灾自远，岂可预为三年之请，概冀非常之恩。惟万历元年、二年拖欠，若果系灾伤，勘实奏豁。”从之。
九月壬寅，总理河道御史傅希挚奏：“河决沛县缕水堤二处，一长一百三十一丈二尺，一长九十五丈七尺。又丰县决长堤二处，一长五十余丈，一长六十余丈。”下所司。
十月乙亥，河决丰、沛、徐等州县，发各库仓贮银粮赈之。戊寅，凤阳巡抚吴桂芳等以宿迁县为黄水扫啮，请迁县治，筑土城以避之。前基去县不数百步，不必移民，而儒学亦稍俟丰盈另议。户部复言：“儒学当与县治并兴，移民当与迁县同举，寓赈恤于救灾，胥赖此举。”然之。辛巳，应天巡抚宋仪望迁南京大理寺卿。甲申，胡执礼为应天巡抚。
十一月辛卯，命南京广东道御史刘应训巡视苏、松、常、镇水利．丁未，户部尚书殷正茂题：“查南京户部隆庆二、三、四年额征银未完一十三万二千六百九十九两二钱三分；本色米豆未完二千三百四十四石五斗四升；花绒未完八千二百三十斤。隆庆五、六年全征折色银未完七万三千六百九十九两九钱三分，本色米豆未完三千四百三十四石二斗八升；花绒未完一万一千七百五十八斤；农桑丝绢未完三千六百一十七匹一丈七尺；稻草未完二百二十一束。徐州，隆庆三年起至五年止，茶叶未完二百六十二斤；应天府，隆庆六年课钞未完二千三十九贯五百三十九文，铜钱未完二千三百三文，钞折银未完一十三两七钱一分。乞尽数蠲免。”报可。癸丑，工部言：“黄、淮交涨，冲决太多，请将天妃闸以北，行傅希挚修决浚淤；以南行吴桂芳增补堤岸，毋误明年漕挽。”然之。
十二月丁亥，南京太仆寺卿石星，以淮、扬一带连岁水灾，民困已极，奏免节年拖欠马价、草料、场租银在淮安者一十一万五千二百九十三两七钱三分。
五年正月己酉，巡抚直隶监察御史邵陛言：“淮安等地，土广人稀，加以水灾，民半逃亡，二千里皆成灌莽，当急为劳来安定之计。”得旨：“抚按官督率营田佥事着实举行。”
壬子，工科都给事中刘铉等言：“季终考成，计延阁者，淮、扬巡按邵陛二十事；漕运总督、侍郎吴桂芳十三事。”命夺陛、桂芳俸各二月。乙卯，先是，应天巡抚宋仪望上所属驿递钱粮节省减编之数。上以其数才十分之一，与北直隶奏报不同。下兵部议。部具言额派多寡与裁省悬绝之由。得旨：“朕念小民困苦，屡旨清查驿递，以除弊安民。乃抚按全不体朕心，背公徇私，牢不可变，今姑再行申饬，余如议。”
二月己卯，总督漕运、侍郎吴桂芳言：“高邮石堤，工将底绩，宜及时开挑越河。查先年，侍郎白昂开康济越河，去老堤太远，河成之后，人心狃于目前越河之安，而忘老堤外捍之力。年复一年，不复省视，遂至老堤与中堤俱坏，而东堤不能独存。今宜仿侍郎王恕之议，挨老堤十数丈，取土成河，使堤上来往共由人得照管，不致蹈前颓圮。”旨下所司。
三月辛卯，户部复：“总督漕运吴桂芳条上屯田六议：一、定分辖。山阳、徐州、萧、砀、丰、沛等十八州县，宜属淮、凤水利；一、佥事衙门驻扎灵璧；一、请拨庐州府属预备仓谷五万石，以裕开垦之资；一、仿国初法，以府、州判、县簿为治农官，专治农事。其未设农官者，即以管粮官兼之；一、召集流寓，给田开垦。无力者，官给牛种，次年还官，三年纳粮，十年编役；一、荒芜田地不必专责成富民，各从所便，听民告认。”命如议行。癸卯，直隶巡按御史郭思极因京口漕河浅涸，条上三吴水利：“一、复练湖以永资蓄泄。盖江南漕河北高南下，京口一带地形高亢，河流易涸。虽奔牛、吕城建闸，启闭蓄水。以待运船，实仰藉练湖为之源。练湖北去丹阳城百步而近，漕河萦绕其侧，周围四十余里，仰受长山八十四汊之水，汇为巨浸。唐宋以来，筑有中埂、斗门、石闸。国朝天顺、成化间，屡尝疏浚增修，夏秋戽水溉田，冬春放水济运，故有湖水放一寸，河水涨一尺之谚。自往时守令狃于近利，令豪右告佃成田，浸失旧额。而旁湖之民，私开涵洞，网取渔利，年涸一年，今且扬尘矣。为漕河经久计，急宜清复。倘虑平民失业，使佃湖之民，转佃于万顷洋等处可也；一、修通孟渎，以傍通舟楫。奔牛、吕城二闸，例如冬闭春启，蓄水以待运船。然秋冬之交，回空运船与往来官船，必取道于此，欲恪守闸规，势不可得。有不由闸而可以开道达江者，为武进之孟渎河。河延袤六十余里，外通长江，内资灌溉。自嘉靖间，防倭入寇，筑坝堵塞。于是河流渐微，日就阻塞，而船不复经行矣！今计开浚约费五万余金，取诸漕运衙门，毋令独累武进一县。此河一开，即有道以通舟楫，而运闸得启闭之宜。又引江潮以注奔牛，而运河资接济之力。”部复，得旨：“练湖并孟渎河，抚按督同水利官修复开浚。责令秋间完报，为来岁运漕计。占湖阻运，不行治罪，已属宽恩，如何又议勘偿。如有抗拒阻挠，及司道因循苟且者，抚按参来重处。”壬子，巡按直隶御史陈世宝条陈河道江北四事，江南二事。”一、复老黄河故道。先是，河自三义镇历清河县，北出大河口，与淮水会流出海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口，向桃源大河而去，谓之老黄河。至嘉靖初年，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南，与淮会合入海。自是运道不由大河，而径诣清河县北上。迩者，崔镇屡决，河势渐趋故道，若仍开三义镇口，引河入清河县，或令出大河口与淮流合，或从清河县西另开一河，引淮水出河上与会合，则运道无恐，而淮、泗之水亦不为黄河所涨，民难其永纾矣；一、修宝应湖堤。补古堤以固其外，于古堤东再起一堤，以通越河，而使运舟于此经行；一、浚练湖；一、复开孟渎河；一、增建仪真二闸。因江口去闸太远，欲于上下江口，迤逦数十丈许，各建一闸。潮始来，预去板纳之；潮初退，即下板以闭之。使出江之船，尽数入闸，以免迟滞；一、开瓜州河港坞。将屯船坞挑浚深阔，使船之先入者屯聚于内。又于坝之东开一曲港，与新闸外港相合，使船之后至续泊于内，以免金山挂江之险。”部复宜依议行。上命行之。丙辰，命御史董光裕巡督两淮盐课，兼理河道。
五月甲午，孟渎河以三月初兴工，至是报竣，共用银一万六千五十余两。
六月甲戌，总督潜运侍郎吴桂芳奏：“自去秋时河决崔镇，清河一带正河淤垫，淮口梗塞。于是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，灌山阳、高宝之间。向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加至一丈二尺，而水更过之。议护河堤以杀水势。”部言：“堤虽可护，而不能必水之不涨。欲水之不涨，必俾淮有所归而后可。宜令漕运衙门，严督司道，熟计其便。”报可。戊寅，淮安水利佥事黄猷吉以病乞休。上以猷吉管河甫及一年，似有诈托，令巡按御史查核以闻。己卯，隆庆间，苏州卫镇抚任贤以侵欺军需，下巡按御史提问，脱逃。至是，升川沙把总。直隶巡按御史郭思极摘发其事。命夺该司郎中俸三月，余各一月。升凤阳府同知杨化为河南佥事，驻扎淮安，专管治水，代黄猷吉。
七月戊子，兵部复奏留都饬武弭盗事宜：一、饬兵卫以护陵寝，稽出入以肃禁城；一、严点闸以重守卫；一、补丁壮以饬营务，额军九万余，今仅二万余名，宜选各卫在册余丁补足；一、增锐卒以备缓急；一、增马军以严巡警；一、励官守以严稽查，严缉捕以杜出没。得旨允行。己亥，先是，苏、松、常、镇四府原差部官监兑，后以两浙巡盐御史监之。至是，复以巡盐督理不及，议仍遣部官。部复从之。蠲免淮安府属隆庆三年以前未完马价银四万二千余两。甲辰，两淮巡盐御史王晓以所荐各属仅举人七名，不及格，夺俸三月。丁未，巡按直隶御史林应训条奏三吴水利，言：三吴水利莫重于苏、松。而在苏者，莫重于吴淞江，若吴江长桥一带，则太湖入江之口，在松者，莫重于黄浦，若山泾港、秀州塘诸处，则淀泖入浦之路，皆不容不急图者。议开吴淞江中段，以通入海之势；疏吴家港、长桥，以宣出湖之源；浚山泾港诸渎，以导达浦之路。请给钱粮，以便兴事之用，清查滩占，以广经费之助。部复允行。辛亥，应天巡抚胡执礼奏革练湖佃田。得旨：“各田亩有碍水利者，尽数查革。不许畏徇容隐，致挠公法。”
八月丙辰，以被灾伤，蠲免淮、扬万历二年以前未完药材、牲口、北羊等项银两。癸亥，河复决崔镇。丁丑，先是，南直隶上海县下沙场有盗三十余人，进劫场官，杀死家属事闻。得旨：“参政王叔呆等住俸戴罪，抚按官严督兵备等官整饬武备；有司有隐匿盗情及累失事者，参奏重治。”
闰八月乙酉，时河决崔镇，冲阔水溜，势分正道，漕河都御史傅希挚议堵筑决口，束水归漕。漕运侍郎吴桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路，持议各异。部复：“运道关系尤重且紧，崔镇决口，听河道衙门及时堵筑，溜水归漕。其老黄河入海之路，俟水势稍定，会同议奏。”戊子，南京礼部右侍郎、管国子监祭酒事殷迈，以病乞休。时，迈家僮为监生茅迪吉等痛殴重伤，及堂官牌谕，仍复抗拒之，久之方解。南京科道以闻。上谕吏部：“殷迈既有疾，准致仕。近年监规颓坏已极，生徒凶恶无礼，何以风示四方；员缺以有才望、能振作者任之。”复谕礼部申饬两京国子监，都照监规、敕谕，严率生徒，振兴法纪；下茅迪吉等于南京都察院问拟，俱遣戍。时徐、淮河涨，宿、邳、清、桃两岸多决，淮水为河所迫，徙而南，高宝湖堤大坏。于是工科都给事中刘铉建议：“南河郎中不便顾理淮北，请添郎中一员于淮、徐适中处，专治淮、黄一带河道，其徐、吕二洪主事可并一员。”上谕工部：“近来，偶以一事，辄便增官，久之不便，又议裁革，殊为轻率。添设部官及先年河、漕划地分管之议，本欲责成，反滋推诿，并议以闻。”部复：“国家特设总督漕运大臣，则凡有关于运务皆其事也。又设总理河道大臣，则漕河自张家湾直抵瓜仪；黄河自河南、山东上源至淮安入海，皆其地也。与其划地分管之异同，孰若漕、河各供厥职之划一。宜各遵原奉敕书行事，惟差郎中一员，专治淮北，裁吕、梁洪主事，即令郎中管理，则无增官之费，而有得人分治之益。”从之。壬辰，礼科左给事中汤聘尹言：“京口水涸，漕挽愆期。近议开练湖矣。然可以资丹阳，不能资丹徒，议开孟渎矣，然可以资江阴，不能资京口。盖京口与瓜州对垒，而孟渎去瓜州颇遥，空船可以溯流，粮艘难以涉险。则运道必出京口，宜于京口之傍，另建一闸，引江流内注，低旧闸丈许，视冬间水势而定之准，潮长则开，缩则闭，可免涸辙之患。”章下所司。辛丑，时，山阳、高、宝淮水弥漫，礼科左给事中汤聘尹议导淮入江，于瓜州入江之口，分流增闸，以杀其势。已，漕运侍郎吴桂芳揭称：“黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。”工部复：“二议不同，奏请行勘。”上以河、淮既合，命寝其议。壬寅，先是，应天巡抚宋仪望报获拒捕盐徒蔡廷等十名。巡按御史王民顺审录奏报，前后矛盾。上以抚按司道官捏报掩饰，致为抵牾，夺仪望俸三月，王叔呆俸半年，民顺候回道考察，下把总管懋于御史问。庚戌，御史尹良任条陈漕运事宜：一、通便道以速粮运。孟渎河口渡江入白塔河，抵湾头为运道捷径。宣德七年，平江伯开通，至正统四年，都督武兴复闭。今孟渎河既开，则自河渡江入黄家港，水面虽阔，江流甚平，且由黄家港至泰兴以达湾头、高邮运河仅二百余里，可免瓜、仪不测之患；一、开江道以泊运舟。粮船自京口乘风北渡，瞬息可达瓜闸。但金山而下，波浪汹涌，中流遇风，难免漂泊之患。镇江城西北有甘露港，约长十余里，夹岸洲田宜挑深阔，以便回泊。”部复：“二港可否，踏勘行之。”报可。
九月甲寅，蠲免松江、镇江两府万历元年、二年未完米折、草折、盐钞银一万七千三百余两。丁卯，管理河道南工部郎中施天麟言：“淮、泗之水，原从清口会黄河入海。今不下清口，而下山阳，从黄浦口入海。浦不能尽泄，淫渐及于高宝、邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗水本不入湖而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口尚未淤塞而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤淀日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半。自高家堰废坏，而清口之内傍通济闸则又开朱家等口，引淮水内灌。于是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤于今。下流既淤，则上游不得不决。每岁粮艘，以四五月尽运堤，以六七月淮水发之时，不能为力，水落之后，方图堵塞。甫及春初，运事忽至，仅完堤工，于河身无与。河身不挑，则来年益高。须不惜一年粮运，不惜百万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。”部复：“河内疏浚，苦无良法。先臣刘天和用平底方舟，横排河中为一层，四维拴系，以长柄铁爬浚之。浚深数尺，移舟再浚。后数丈，复为一层，如前法，则水中与陆地施工略同。兴工停运，宜行河道等衙门会议，具奏定夺。”报可。戊辰，升山东巡抚李世达为右副都御史，总理河道。丁丑，升大理寺右少卿张岳为南京右佥都御史，提督操江。辛巳，南京右佥都御史王篆条上江防事宜：“一、核军实以充营伍。新江口营官军，额设、添调共一万七千有奇。查改差、逃故、取回、退回、为事及有丁未行顶补各项官军共一万九百余名，止存五千六百二十余名。宜追回改差，勾补逃故，取回者查复，退回者更换，为事者清提，有丁者查替；一、省繁差以旨军劳。先年，京营有暗伏一差，分遣弭盗，今沿江上下，已设游、巡二兵，则暗伏官军宜撤回操练；一、拣劲卒以任选锋；一、议战舰以图实效。额设战船四百一只，递减至二百九十四只，俱已损坏，今议以一百六十只属操江衙门改造，余还该部，变价停造。”部议允行。
十月乙酉，先是，总理粮储都御史胡执礼言：“江南改折之例，请每岁会计以改折三分为常。”户部奏：“今太仓所存，仅足支六年，此时未可遽议。”上是部言。辛丑，命支两淮运司库银一万两、稻六百六十余石，赈两淮各场灶丁，以水灾重大故也。