江苏省通志稿大事志 - 第 122 页/共 182 页
十月庚午，以水灾免直隶淮安府、邳、徐等州正官入觐。辛未，改镇守两广总兵、镇远侯顾寰充总兵，提督漕运，镇守淮安地方。
十一月壬寅，初，给事中林懋举、御史王民皆言：“南京浦子口，宜设战船，习水战，以备不虞。”南京兵部尚书屠楷等言：“留都长江天堑，南有新江口营，统水卒以扼江洋之险；北有浦子口营，统陆卒以遏凤阳之冲，至严也。今浦子口，军不满二千，不能当江口之十一，而水战又非所长，不若量增逻卒，置之江口。而于浦口沿江增墩台十座，选军二百人守之。长江寇来，陆军协力拒战，绝其登岸之谋；北岸有警，水军沿江应援，断其入江之路，庶为长便。”兵部复，当如楷言。报可。
十二月壬子，河道都御史曾钧奏上治河方略，自房村集至双沟、曲头诸处当浚，自徐州高庙至邳州沂河诸处当筑堤，约工费当用银十一万三千余两有奇。乞发淮、扬余盐并邻省事例银两协济，其诸省解京扣剩、河道及南直隶赃罚等银，亦宜暂留，以助大工。工部复议。上曰：“河患异常，所在有司，漫不经心，姑记罪候处。钧所请俱从之。仍令会同漕运都御史连，以实举行。自后河道钱粮，别衙门不许擅自动支。”癸亥，法司上是岁恤刑官论囚矜疑之数。南直隶江南七十二人，诏免死发戍。
三十二年正月戊寅，先是大学士严嵩等言：“徐、邳等十七州、县，连被水患，民饥剽劫，吏不能禁，恐生他变。乞命户部给发余盐银两及徐、淮等仓存留粮米，选差大臣出赈。仍令工部行巡抚及河道官，急将黄河下流设法疏浚，令水归故道，百姓有庐室田亩可依，得以安堵。”上从其言，命河道都御史曾钧，漕运都御史连，作速勘处以闻。至是钧等奏谓：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，顷为淤沙壅塞，以致奔溃，此其疏浚所最先者。次则草湾老黄河口冲决，淹没安东一县，亦当急筑。既成之后，宜筑长堤矶嘴，以备冲击。又三里沟新河口，比旧口水高六尺，若开旧口，虽有沙淤之患，而为害稍轻，若开新口，未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜将新口暂闭，建置闸座，及将高家堰增筑长堤。原建新庄等闸，加石修砌，以遏横流。但挑筑工料，计用银十三万九百余两，乞发淮、扬、浒墅三钞关并芜、杭二抽分银两解用。”工部复议，从之。已命发淮、徐仓粟、麦四万石，运司余盐银五万两，遣刑部左侍郎吴鹏往赈之。
闰三月甲戌，海贼汪直纠漳、广群盗，勾集各岛倭夷，大举入寇。连舰百余艘，蔽海而至。南自台、宁、嘉、湖以及苏、松，至于淮北，滨海数千里，同时告警。
四月壬午，初，山东、江北连岁水旱，饥民蜂起为盗。剧贼时洲、时恺、马爱等，各聚众数百人，流劫沂、邳间，烧毁泇口镇，地方甚被其害。巡按直隶御史李逢时以闻。诏停山东、淮安抚臣沈应龙、连及兵备等官俸，令克期平定。至是山东麦收甚穰，饥民多归就业。应龙等复檄许群盗自首，于是贼势衰耗，诸首恶多就擒。应龙等以事平具闻。诏斩所擒获诸盗，而贷其自首者。命应龙等支俸如故。戊子，倭寇犯太仓州，攻城不克，分众四掠，烧毁关厢庐舍。癸巳，倭寇破松江上海县。丁酉，改南京吏部尚书潘潢为南京兵部尚书，参赞机务。倭寇攻吴淞江所、南汇所，俱破之，分兵掠江阴。庚子，江北倭掠海州，杀二百余人。
五月癸丑，倭寇复入上海县，烧劫县市。知县喻显科逃匿，指挥武尚文及县丞宋鳌俱战死。贼屯县中七日，纵火焚官民廨宇庐舍略尽。丁巳，淮安府知府张敦仁上言：淮、徐连遭水旱，请将漕粮折银蠲免。又淮安、大河、邳州三卫、守御东、西二海所，官军俸粮岁五万七千余两，请如先年例，暂留钞关银数万两，或拨运司盐银给之。户部议复：“京储至重，不得尽免。上年漕粮折银，仍令起解。今年已征在官者起运，未征者姑俟秋成如数带征。其官军俸粮，当以盐银一万二千两给之。”诏如拟。甲子，添设金山参将一员，分守直隶苏、松等处，防海备倭。庚午，南京兵科给事中贺泾奏：“上年倭寇突犯浙东，未遭挫衄。今岁勾煽丑类，连艘内讧，以浙省防御渐密，乃泊守宝山，进窥苏、湖等郡。窃惟留都根本重地，海洋密迩。镇江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、仪真又漕运门户。今贼势披猖，防制疏略，万一黠寇匪茹，横掠而西，将致根本震动，运道艰阻，为害非浅。矧今西北疲于边烽，而疮痍未苏，中原困于饥馑，而萑苻不靖。其财赋供亿，所仰给者，唯东南数郡已尔，复被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因海寇窃发，添设总兵官驻扎镇江，事平面罢。今请暂设此官，俾整饬上下江洋，总制淮海并辖苏、松诸郡，庶事权归一，缓急有赖。”南京广西道御史汪克用亦以为言。兵部复：“总兵官如议添设，令驻扎金山卫节制将领，镇守沿海地方，调募江南北徐、邳等处官、民兵，以充战守。其操江都御史敕内，未载海防，并当增易。”上命：“暂设副总兵一员，提督海防。应用兵粮，巡抚并操江官协议以闻。操江都御史敕书不必更换。余如所议。”已，乃命分守福、兴、漳、泉参将汤克宽充海防副总兵，提督金山等处。
六月壬午，谪总督漕运兼巡抚凤阳都御史连于外任，坐地方灾盗，匿不以闻故也。乙酉，改赈济淮、徐刑部左侍郎吴鹏为兵部左侍郎兼都察院右副都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。壬辰，巡抚应天都御史彭黯、巡按御史陶承学等言：“寇势日炽，非江南脆弱之兵，承平纨袴之将所可办者。请得以便宜调山东、福建等处劲兵，及敕巡视浙江都御史王忬督发兵船，犄角攻剿。”疏下，兵部复：“山东陆兵不娴水斗、福建海沧月港亦在戒严，岂能分兵外援。宜令黯等就近调处州坑兵一二千名，仍随宜募所属滨海郡县义勇、乡夫，分布防御。并请命王忬互相应援，其应用兵船、粮饷、器械、火药，许征发在所支用。”署南京兵部事、尚书孙应奎亦言：“倭夷劫掠，渐近留都。沿江津隘，已议调官军防守。应用甲仗、粮刍，乞命南京户、工二部给发。”上俱允之。
七月戊申，巡抚应天都御史彭黯以倭寇出境，浮海东遁来闻。寇自闰三月中登岸，至六月中始旋，留内地凡三月。若太仓、嘉定诸州县，金山诸卫所皆被焚掠，上海县、昌国卫、南汇、吴淞江、乍浦、螓屿诸所皆为攻陷，崇明、华亭、青浦等县乡镇，焚荡略尽。向来所称江南繁盛安乐之区，骚然多故矣。甲子，史褒善为南京都察院右佥都御史、提督操江。
八月丁丑，起服阕户部尚书张经为南京户部尚书。
九月癸丑，总理粮储、巡抚应天都御史彭黯以江南连年倭寇，兵饷不给。乞暂留布匹、船料、事例、折粮民壮、弓兵银以济军饷。又言：“太仓、上海、嘉定被患特甚，宜破格优恤抚属。兑军粮米，每于年终征完俟兑，而运船多至次年三四月始至水次。时海潮风汛，事变可虞，乞敕漕运都御史将减存未运现在粮船，先拨于上海、嘉定、昆山、常熟，江阴、丹徒诸处，于年终兑载。”章下户部，言：“布匹、船料、事例、折粮银，皆内府太仓急需，非所敢议。惟去年巡按御史徐洛籍报，苏、松、常、镇四府实在银二十八万两有奇，可备军饷。其优恤太仓、嘉定、上海，及漕运兑载事宜，请如黯议。”报可。甲子，以灾饥，诏免淮、扬二府所属州、县及各卫，所税粮有差。仍敕有司出赎金贩济。增设分守直隶通、泰等处参将一员。辛未，倭贼百余，由华亭县漴缺登岸，流劫戚水泾、金山卫等处。自六月中，倭大举东遁，江南稍宁。惟崇明南沙泊失风寇几三百人，舟坏不能去。总兵汤克宽、佥事任环列兵守之，月久未克。至是寇警又作，远近震恐。
十月癸未，南京修理皇城兴工。戊子，漴缺倭移舟泊宝山。总兵汤克宽引舟师追击之，及于高家嘴，毁其舟，斩首七十三级，生擒十四人。壬辰，海倭三百余人，突犯上海县，太仓州等处，复入常熟县福山港。知县王铁率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京户部尚书张经为南京兵部尚书，参赞机务。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延为南京吏部尚书。乙巳，前犯常熟倭，复由上海七灶洪登岸，流劫三林庄、南汇所、吴淞江所及嘉定县地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚书孙应奎为南京户部尚书。丙辰，升总理粮储、巡抚应天、兵部左侍郎彭黯为南京工部尚书。辛酉，升江西右布政使方任为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎郑晓为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督漕运、巡抚凤阳等处。甲申，应天巡抚都御史彭黯、巡按御史孙慎以苏、松、常、镇四府近遭倭患，居民流徙，请蠲太仓州京库银三万六千二百两有奇，嘉定县京库银八千四百两有奇，上海县京库银五万八千九百两有奇。其余四府所属州县积逋二十七年至三十一年钱粮，皆停征。又言南方卫所沿边者戍，腹里者运，制也。自迩年以松江所运船二十只改派金山卫及青、南二所代运，边腹互失其职，宜复旧制。章下户部议：“京库银不敢议免，其积逋钱粮，自光禄寺物料并三十一年以前布疋外，皆可缓征。运船旧制宜改复，如黯等言。”报可。丙申，升江西左布政使陈洙为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。辛丑，南京兵科给事中贺泾条奏拱卫留都七事：“一、议事权。凡地方有警，南京兵部会推知兵大臣一员，在江南则居新江口等处，在江北则居滁、和、浦口等处，居中调度，相机剿捕；二、简官军。各营军士，宜汰其老弱，补以精壮，仍选谋勇者为把总。无事常行训练，有警征调防剿，所司以时阅视。许动支地租营房银犒赏；三、浚城潦。通济等十三门，兵马通衢，有为民居妨碍者，折毁。神策等三门濠河，有填淤者，浚治；四、肃门禁。守门军士，原给器械，宜专官查验、整理；五，诘奸细。京城内外及徐、滁、和地方，宜编立保甲，严行稽察；六、处操船。水军战船，宜仿沙船改造，其艨冲、楼船当量存之；七、重应援。池河新营所辖飞熊三卫，敕巡视官听兵部节制。江北有警，亦听凤阳抚、按官调遣。”上从其议。巡按直隶御史孙慎勘报：“倭夷杀掠吴淞、嘉定诸处，论巡抚彭黯、参政翁大立、六合知县董邦政、副总兵汤克宽，指挥刘重光不能防御，乞正其罪。阵亡镇抚胡贤、重伤指挥黎鹏举并宜优恤。”得旨：“倭奴侵扰，诸臣督守无策，黯停俸四月，大立二月，邦政等姑宥之。克宽停俸，戴罪杀敌立功。余从所议。”
三十三年正月辛未，应天巡抚都御史彭黯以寇患孔棘，请令苏、松、常、镇四府得纳承差如各省例，并榷阊门商税，留三十一年以前应解本色布银，以充军费。从之。
二月庚辰，海寇由上海黄浦逸出攻松江府。官兵追战，败绩。县丞刘东阳死之。丙戌，兵部复：“原任巡抚应天、都御史彭黯奏去年九月倭贼流劫华亭、南沙、上海、吴淞江等处，诸守臣功罪状。初寇入，副总兵汤克宽、兵备佥事任环、松江府同知郁文奎等迎战，皆不利。后克宽追寇于宝山，破之。环等各严兵自守，虽无斩获功，境内以全，罪亦可原者。”上是之。命赦还文奎等罪，各策励兵供职，克宽功罪俟复勘议处。
三月辛丑朔，升工部左侍郎陶尚德为南京刑部尚书。甲辰，改南京兵部右侍郎屠大山为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总理粮储，提督军务兼巡抚应天。以南直隶太仓州、上海、华亭二县被兵，准改征兑运米折色有差。庚戌，免苏、松二府三十三年应派料价，充海防军饷。乙丑，苏、松倭寇掠民船入海，趋江北岸，薄通、泰等城，焚掠各盐场，余众有漂入青、徐界者。
四月壬午，扬州卫千户洪岱、文昌龄、泰州所千户王烈督兵援通州，至西门外三里桥遇贼战，俱死之。乙酉，倭寇袭破崇明县，知县唐一岑死之。甲午，增设盐城县洋麻港口、海州东西二所把总官各一员。
五月辛丑，以灾伤，诏以淮安府属州、县改兑粮八千六百石，俱准折征。戊申，初，通州三里河之役，贼兵仅百余人，盐徒及胁从者千余人，时参将解明道拥重兵居城中；扬州府同知朱裒、仪真守备张寿松军城外。凤阳巡抚郑晓议发兵往援，檄原任都指挥月轮将之，轮辞以非朝命不至。晓仍更檄两淮运判马伦、原任仪真守备陈津，往会千户洪岱等合战。城内外兵无一策应者，岱等孤军败。岱与千户文昌龄、王烈皆死。至是，晓上疏言状，因请治明道等畏怯、轮推避之罪。得旨：“洪岱、王烈、文昌龄俱赠指挥同知，子孙升袭。褫明道与寿松等职，各戴罪立功。轮令巡按御史逮至京问。”己酉，兵部复：“巡按御史孙慎言，浙江、江北诸郡，寇患方殷，苏、松二、三月间，所在告急，皆经略失人，军令不严所致。乞敕巡抚屠大山，收召忠勇之士，申明误军之罚，仍榜谕沿海居民，有能奋勇杀贼者，如军功升赏，所得寇器，悉以与之。计擒贼首者，许奏升指挥、佥事，世袭。一切军费，悉从便宜区处。督粮参政翁大立，无事令往来苏、松、常、镇，催给粮饷。有事专往松江，以便调度。”诏以其议属大山举行，仍趋令赴任，不许迟缓。庚戌，调原任湖广按察司副使张景贤，整饬淮、扬兵备，专理海防。时倭寇未靖，总督漕运侍郎郑晓及直隶巡按御史李逢时共疏，请添设兵备一员，专住泰州，以防通、泰、海州海贼出入之路。吏部复，从其请，因调景贤为之，仍列衔于湖广。辛亥，诏发南京户部银二万两，为苏、松备寇兵费。庚申，江北倭寇攻如皋县，不克。辛酉，增设把总官一员，于泰兴县周家桥防守。从操江都御史史褒善请之。
六月壬申，诏复设管河郎中一员于江南，既而罢之。初，漕运侍郎郑晓奏，粮船过淮衍期，皆坐镇江以南内河淤阻之故，乞特遣一部臣督帅有司，疏通河道。章下工部议，以为便。从之。吏部因言：“江南旧有水利郎中一员，兼管镇江运道。后因权轻不便钤辖，乃以其事专责之巡抚。今复设部官，他日又将以为不便矣。”上曰：“管河郎中，既有前旨裁革，罢勿遣。其经理运道事宜，仍责成巡抚如故。”壬午，升应天府府丞李珊为本府府尹。戊子，升户科都给事中凌汝志为应天府府丞。丁酉，添设扬州府同知一员，专驻瓜州，督捕江海盗贼。从漕运都御史郑晓奏也。
七月丙午，苏州倭寇流劫至嘉善县，转趋松江出海。参将俞大猷，击败之于吴淞所，擒七人，斩首二十三级。乙丑，以兵荒，量免淮安府、卫及通州、如皋、海门屯粮，并改折海门、山阳、盐城、赣榆、沭阳兑米有差。
八月己巳朔，上命总督漕运、侍郎郑晓督修如皋、海门、泰兴、海州、盐城等处城池塞堡，添设掘港把总官一员备盗。癸未，倭寇薄嘉定县城，参将李逢时、许国遇于新泾桥，败之。擒斩八十余人。庚寅，起听勘原任昌平州右佥都御史周珫总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口额设船四百艘，以操江都御史潘玺奏减其半。至是，魏国公徐鹏举以海寇骚扰，请改沙船，增复旧额。从之。
九月乙亥，诏停苏、松、常、镇四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚书张经以倭寇充斥，议留折兑运粮，借用两淮盐银、苏府浒墅钞关船料、后湖赃罚十万两，充兵饷。户部复：“太仓等州县漕粮改折扣留，已为破格，若并折色而尽留之，漕规废坏，何所纪极。宜止以太仓州三十二年秋粮折兑银三万五千有奇、华亭县二万六千有奇，共抵作原议听留苏、松、常、镇四府三十三年兑运秋粮并派剩银两之数，存留充饷。后湖抵赎，以其半与之。”报可。乙卯，倭寇七十余人犯海门县，焚舟登岸。淮扬兵备副使张景贤，亟引御之，战于吕四场，尽歼其众。
十月壬申，命锦衣卫械系原任应天巡抚屠大山、参将许国、李逢时、副总兵解明道至京讯治。先是，采淘港之役，坐两将不相能，各兵趋利不止，故垂成而败。时明道督水兵泊海口，坐视不救，大山方称疾不视事。至是，御史张师价以败事闻，请治大山、逢时、国、明道各失事罪。于是大山逮至，黜为民，明道等论斩。乙亥，免是岁南京决囚。辛巳，兵科给事中李用敬论劾总督、南京兵部尚书张经纵贼误国。上命改经为右都御史、兼兵部右侍郎专一总督军务，克期平贼，不许怠误。以南京吏部尚书周延代经为南京兵部尚书，参赞机务。壬辰，倭寇三千余人由金山突至西海口，登岸分掠。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等处。
十二月甲戌，命调永顺宣慰司彭明辅、保靖宣慰司彭荩臣各帅所部土兵三千人，前赴苏、松剿贼。先是，总督张经议调广西狼兵及湖广民兵，尚未至。而苏、松自十月后，新寇继至者又万余人，经至是告急。因复以调兵请，许之。乙亥，以苏州被寇，暂令浒墅钞关收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元为应天府府尹。甲午，以淮安府灾荒，准改折预征本色马匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中军都督府佥书万表挂印充总兵，提督漕运，镇守淮安。庚戌，南京应天府死囚吴恭伯等十五人越狱，夺城门走。诏锦衣卫逮府尹李珊来京讯治，革守备魏国公徐鹏举任。已，鹏举上符敕请罪，乃命奉祀孝陵，于南京中府带俸。珊械至法司，以案证在南京，请下巡按御史查劾。久之，御史为之开释，请仍在籍听用。从之。丙辰，工部尚书吴鹏奏：“迩者，黄河冲决飞云桥，于是昭阳湖水柜淤为平阜，今与运河无涉。柜外余田四百九十余顷，召民佃种，人授田五十亩，每亩征银三分，以备河道之用，日后或于河渠有济，仍退还官。其马场、南旺、安山等三湖水柜，不在此例。”报可。甲子，巡抚应天都御史周珫奏：“苏、松二府，连被兵荒，乞将三十三年税粮尽数蠲免，华亭、上海及嘉定、崇明四县仍发银赈济。”户部复：“该府本年民粮存留者，依拟蠲除。起运者，除派内府、王府粮米及议改折外，俱暂停征，再将华亭、上海、嘉定三县各扣京库米四万石。崇明原无起运，令于别库计处银一万两，给散贫民。”报可。乙丑，升原任兵部左侍郎张时彻为南京兵部尚书，参赞机务。
二月己卯，改南京礼部尚书王崇庆为南京吏部尚书。丙戌，遣工部右侍郎赵文华祭告海神并察视江南贼情。初，文华条陈御寇便宜，首请遣大臣祭东海。至是，礼部复如其言。上以问大学士严嵩，嵩言：“南贼扰据苏、松二载，设官调兵，未见实效。屡次奏报，或多失实。宜依部复遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察视贼情，以区处长策，具实奏闻。其所差官，或即用文华亦可。”上乃命文华往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐灾伤重大，诏折征漕粮十分之三，每石征银六钱。
三月甲寅，苏、松兵备任环督参将解明道等，以舟师与寇战于南沙野茅洪，败之，斩首一百八级。
四月辛未，工部侍郎赵文华至松江祭海神。是时倭据川沙洼、柘林为巢，经冬涉春，新寇复日有至者，地方甚恐。及闻狼兵至，人心稍安。总兵俞大猷遣游击白泫等将狼兵数队，往来哨贼，乘隙邀击。舍把田銮等稍有斩获，文华因谓狼兵果可用，厚犒之，激使进剿，至漕泾，遇寇数百人与战不胜，头目钟富、黄维等十四人俱死，兵众失亡甚众。于是贼知狼兵不足畏，复肆掠如故矣。乙亥，倭犯江北淮、扬等处，前后由通州之余东场、海门之东夹港地方登岸，流劫狼山、利河等镇，吕四、余西等场。丙子，江北倭突入通州南门，烧民屋二十余间而去。己卯，升吏部左侍郎葛守礼为南京礼部尚书。甲申，柘林巢贼分众三千余，过金山卫。总兵俞大猷督游击白泫及田州瓦氏兵遮击之。贼鼓众来冲，官兵大溃，死亡无算，贼遂奔犯浙江。乙酉，江北倭犯淮安盐城县。戊子，三丈浦倭贼分众掠常熟、江阴村镇，兵备任环督保靖土兵千余及知县王铁、指挥孔焘分统官、民兵三千攻其巢，破之。斩首百五十余级，烧贼船二十七只，余贼奔江阴。辛卯，川沙洼倭驾舟出海，官兵纵火焚其巢。风荡贼舟一，至戚家墩。游击白泫、刘恩至获之。斩首三十七级。是日，江阴贼亦出江东遁。
五月甲午朔，升刑部左侍郎陈儒为都察院右都御史，总督漕运，巡抚风阳。戊戌，原屯川沙洼倭贼突犯关港、周浦、车浦等处，夺舟过浦，分掠泗泾、北簳山。佥事董邦政、游击周藩引兵追击，遇贼于唐行，我兵惊溃。藩被创死，军士死伤者几三百人。贼遂屯驻古塘桥，流劫昆山县石浦等镇。甲辰，倭寇五十余人，自山东日照县流劫安东卫，至淮安赣榆县。是日，吕四场有倭舟突犯，沿劫东团等处，该场副使李政，督率耆灶，奋锐攻之，斩首四十五级，尽歼其众。乙巳，寇舟三十余艘，众约千余人，自海洋突犯苏州青村所，攻城不克，遂纵火自焚其舟，登岸肆劫。是时，新寇复大至，自青村外若南沙、小乌、北浪港诸处悉有贼至，泊岸即焚舟散劫。官兵稍稍逼之，乃合势犯苏州陆泾坝及娄门。南京都督周于德引兵来援，一战而败，镇抚孙宪臣被杀。贼遂中分其众为二：一由齐门北马头而北，转掠浒墅关、长洲五都等；一由胥门、木渎而南，转掠吴县横塘等镇，延蔓常熟、江阴、无锡之境。出入太湖，莫能御者。己酉，诏锦衣卫遣官校逮总督南直隶、浙、福军务、右都御史张经及参将汤克宽，械系来京问。以侍郎赵文华劾其畏葸失机，玩寇殃民故也。倭自去岁据松江柘林、川沙洼二处为巢，纵横肆掠，周围数百里间，焚屠殆遍，水、陆兵无敢近者。本年三月初，广西田州土官妇瓦氏，及东兰、南丹、那地、归顺等州狼兵六千余名，承经调至。狼兵轻慓嗜利，闻寇富有财货，亟欲取之。居民亦苦寇暴，朝夕冀幸一战。文华既至嘉兴，屡促经亟檄狼兵剿贼。经曰：“贼狡且众，今檄召四方兵，独狼兵先至耳。此兵勇进而易溃，万一失利，即骇远近观听。姑俟保靖、永顺土兵至，合力夹攻，庶保万全。”文华再三言，经终守便宜不听。文华乃疏言：“经养寇糜财，屡失进兵机宜，惑于参将克宽谬言，欲俟寇饱载出洋，以水兵掠余贼报功塞责耳。宜亟治，以纾东南大祸。”疏至，上以问大学士严嵩。嵩对具如文华言，且谓苏、松人怨经，不可复留。宜与克宽俱逮京鞫讯，以惩欺怠。经、克宽遂并得罪。寻升巡抚应天右佥都御史周珫为兵部右侍郎，仍兼原职，代经总督。赣榆倭流劫海州、沭阳、桃源等处，至清河阻雨。徐、邳官兵分道蹙之，歼于马头镇民家，斩首四十一级。此贼自日照登岸，不及五十人，流害两省，杀戮千余人，至是始灭。甲寅，柘林倭贼纵火自焚其巢，驾舟二百余艘，出海东遁。乙卯，苏松兵备任环督总兵俞大猷等官兵，及永顺官舍彭翼南等土兵、苏州府、县乡兵进攻陆泾坝。败之，斩首二百七十有奇，焚贼舟三十余艘，余贼奔溃。丁巳，升浙江按察使曹邦辅为都察院右佥都御史，提督军务，巡抚应天。倭寇常熟县，知县王鈇率兵乘城御之。贼屡攻不克，移舟泊三里桥。鈇及乡宦、参政钱泮率耆民家丁追贼，及于上沧港，为贼所掩击，俱死。其民丁仅有脱者。辛酉，侍郎赵文华复疏陈倭患出没之形，并劾巡抚周珫、总兵白泫、佥事董邦政等纵寇丧师，使零贼奔溃，余孽复张。因言：“巡按御史胡宗宪，才智异常，安危可寄，宜亟付以大任。”兵部复上其议。上责珫统重兵不能擒斩逸贼，致蹶将损师，本当逮治。第时方用人，姑停珫俸，褫泫及邦政职，充为事官，戴罪杀贼，如更怠纵，罪无赦。宗宪俟论功之日，不次超擢。文华仍奉命督师，参奏偾事者，勿畏避。
六月丙寅，改南京工部尚书杨行中为南京吏部尚书。甲戌，三丈浦倭贼驾舟出海，总兵俞大猷引舟师遮洋击之，斩首一百三十有奇，冲沉贼舟七艘，贼遁泊海洋三板沙。庚辰，三板沙倭贼抢民船出洋，参政任环、总兵俞大猷引舟师追击于马迹山，擒倭首滩舍卖及从贼五十七人，斩首九十三级。是日，倭舟有被海风飘回者，舟坏，余贼五十人，屯嘉定县民家。参政任环以耆兵攻之，不克，伤亡几三百人。乃投火民宅爇之，贼尽死。乙酉，蔡泾闸倭至夏港镇。副使王崇古督水、陆兵夹击之，贼遂出港泊浅沙，分舟南犯，至靖江陈公港登岸。我兵急击之，斩首四十有奇，余贼走入民家，我军焚而歼之。
七月戊申，革金山备倭都司，改设参将一员于苏、松，暂设参将一员于常、镇。壬子，南京兵部尚书张时彻等奏：“应天等府地广，巡抚一人，控制为难。乞添设兵备或巡抚以便责成。”部议：添设兵备副使一员，于句容、溧阳、广德，往来驻扎，选调建阳、宣州，新安三卫官军并所属民兵，相兼操练，听督抚官调遣。”疏入。得旨：“迩者，每遇贼警，所司不思设谋战守，辄议增官，随以无补罢之，殊为纷扰。且苏、松、浙江添官未为不多，选用匪人，何能有济。所议姑允行，事宁具奏裁革。”癸丑，江南金泾、许浦、白茆港诸倭俱载舟出海，总兵俞大猷督各水兵把总刘堂、火雷、余昂等引舟师追及于茶山，纵火焚其五舟，余贼走马迹山、三板沙。复以兵追击之，坏其三舟，凡斩贼首六十七级，生擒四十二人。是时，江阴蔡港倭亦引舟出洋，我兵分击于马迹、马图、宝山等处，共擒斩九十余贼。值飓风大作，贼舟多溺，官兵船坏损者亦众。次日柘林寇亦载舟出洋，为官兵冲击及海风簸荡，沉没二十余舟，余贼复回泊海港，登岸劫掠。丙辰，南京兵部尚书张时彻等言：“倭夷侵迫畿辅，而京军远戍京口，非计。乞掣回防守。”从之。
八月癸亥朔，倭自南京至秣陵关。应天推官罗节卿、指挥徐承宗率兵千人守关，望风奔溃。贼遂过关至溧水县杨林桥，典史林文景率兵迎遏，不能御。署县丞赵珠臣弃城走，贼遂由小北门入城，宴饮民家，信宿乃去。辛未，柘林贼载舟出海，佥事董邦政、总兵俞大猷各督所部水兵分哨击之，斩首七十有奇，获船九艘。邦政复以嘉定兵击贼于宝山，斩首九十八级。甲戌，溧水倭流劫溧阳，趋宜兴，至亭，闻官兵自太湖出，取道官路桥、黄土，越武进县境，抵无锡惠山寺，一昼夜奔一百八十余里。官兵追及，急击之。贼疲走望亭，次日至浒墅关。都御史曹邦辅督各官兵围之。乙亥，柘林开洋贼，遭风坏三舟，余贼三百有奇，自蔡庙港登岸，流至华亭县陶宅镇据之。壬辰，督察军情、侍郎赵文华陈海防五事：“一、复更番出洋之制。国初海防之设极善，今乃列船港次，犹之弃门户而守堂室，浸失初意。宜分乍浦之船以守海上阳山；苏、松之船以守马迹；定海之船以守大衢。三山品峙、哨守相联。更以副总兵屯泊陈、钱诸岛，以扼三路之冲，使贼不得越；二、总兵既屯海上，须藉舟师。今所造福船未办，所调广船未集，请以宁、绍、台、温、苏、松捕鱼船，及下捌山捕福仓等船，约束分布，相兼战守；三、浙直地势相连，互为唇齿，宜设正、副总兵官二员，分驻金山、临山会要之地，共守陈、钱；而以参将分守马迹等三山，各督汛地，则势成犄角；四、沿海一带，军伍不充。请籍现募乡兵万人，岁给半粮，免其他役，给闲田屯种，仿古寓兵于农之意；五、拒寇海中功与战胜内地者异，宜厚其升赏。斩贼一颗，为首者升二级，为从者给赏。总兵等官，能使贼船不能登岸者，以保障论功。若无首级而止获贼船者，亦以大小论级。”兵部复：“其议俱可行，但乡兵万众，人给半粮，当议所出。恐江南赋已繁重，未免纷扰，事宜寝。”上从部议。苏、松巡抚曹邦辅檄佥事董邦政、把总娄宇以沙兵击浒墅关倭寇，歼之。初，贼自宜兴奔苏州，会柘林贼为风飘旋者三百余，进据陶宅港。邦辅虑二贼合，且为大患，乃亲督副使王崇古，会集各部兵，扼其东路，四面蹙之。贼逃至五龙桥，复至梅湾山，我兵随地与竞，颇有斩获。太仓卫指挥张大纲被杀，兵卒伤亡亦众。时邦政、宇督沙兵守陶宅。邦辅计陶宅贼据险且众，未可进兵。乃召邦政、宇以沙兵助剿，一战斩首十九级，贼始惧，奔吴舍，欲潜走太湖。官兵觉之，追及于杨林桥，尽殪其众。此贼自绍兴高埠奔窜，不过六七十人，流劫杭、严、徽、宁、太平，至犯留都，经行数千里，杀戮及战伤无虑四五千人。凡杀一御史、一县丞、二指挥、二把总，入二县，历八十余日始灭。
九月乙未，命南京右府佥书署都督佥事方恩，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。督察军务，侍郎赵文华，大集浙、直兵，来攻倭于陶宅。贼分众迎敌，我兵大败。浙江领兵指挥邵昇、姚泓，直隶领兵千户刘勋俱死。是时，文华以苏寇之捷己不得与为恨，现调兵四集，谓陶宅寇乃柘林余孽，可取。浙江巡抚胡宗宪因大言寇不足平，以悦其意。遂悉简浙兵精锐得四千人，文华、宗宪亲将之，营于松江之砖桥。因约应天巡抚曹邦辅以直隶兵会剿，定期浙兵分三道直兵分四道，东西并进。贼悉锐冲浙江诸营，皆溃。官兵挤沉于水及自蹂践死者甚众，损失军士凡一千余人。直兵亦陷贼伏中，死者二百余人，由是贼势益炽。庚子，诏留巡按苏、常、镇御史周如斗再历一年，从其士民请也。乙巳，升刑部左侍郎张鏊为南京兵部尚书、参赞机务。以水灾免淮安、扬州二府及徐州各卫、所秋粮有差。甲寅，命掌南京前府事诚意伯刘世延提督操江兼管巡江。
十月癸亥，陶宅倭见官兵四集，夜走周浦屯永定寺中，官兵追围之。是时柘林开洋贼舟九只，复回登岸，巢于川沙洼。丙子，巡抚应天都御史曹邦辅以剿灭苏州浒墅关倭寇闻。且言：“连年寇患，其来必纠连大众，多者数千，少亦不下数百。其登岸劫掠，近则百里，至远不过千里。未有以五六十余之贼，深入内地，转战数千里，直瞰都门，无所顾忌，若此贼者。且所过屠戮，极其惨烈，使不即殄灭，得以遁归，彼已习知内地虚实，将来招引丑类为祸，殆未可量。所据佥事董邦政闻命疾趋，躬履行阵，横犯鲸鲵之众，不旬日而芟刈之，真可谓奇功也，请亟加褒录。”总督渐直、侍郎杨宜亦报捷如邦辅言，复参邦政虽有斩馘功，然实故违节制，当罪。督察侍郎赵文华又言：“柘林余贼，复巢陶宅，臣同浙江巡抚胡宗宪督兵四千，来松江会剿。而应天巡抚曹邦辅、佥事董邦政不协力进兵，顾乃避难趋易，侥幸功捷，乞加惩究。”疏俱下兵部。部复：“文华所谓趋易，盖指苏州之寇而言；所谓避难，盖指陶宅之寇而言。窃计二寇多寡虽殊，比量声势，不宜分难易论。若使合而为一，以流劫者之慓悍，济屯聚者之蕃众，未免益复滋蔓难图。乃今苏州之寇剿灭无遗，陶宅之寇自然势孤气沮，驱除为易。今第宜令董邦政戴罪自效，务将陶宅之寇亟行殄绝。俟事平之后，总较功罪，然后赏罚可得施也。”诏下邦政于总督都御史逮问。丁丑，应天巡抚曹邦辅，亲督水陆兵分五哨攻寇于周浦城。贼迎敌，四哨俱奔溃，溺水死者数百人。独中哨以邦辅在焉，且阻水得不溃。壬年，巡按直隶御史周如斗言：“方今苏、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其势已孤。诸军宜乘胜并力灭此余烬不宜迁延养寇，使巢成谷登，新寇代至，复致曩者柘林之患。且近日直隶斩获，悉本地乡兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄败后，一无足用。苗兵前犹有王江泾、娄门之捷，若狼兵则徒扰地方，无纤毫战守力。至于川兵，虽未见可用与否，第万里趋调，东西异宜，恐亦未足恃也。近起用原任总兵何卿、沈希仪，以其知兵，令督率川、广调至之卒，展力取效。顾皆昏睡眊衰愞，一筹莫展。近日功捷，二人者，绝无所与，将焉用之？请罢遣二臣，并停征兵之令，申饬督抚诸臣，督励乡勇，亟除残寇。”上曰：“地方残寇未靖，令督抚等官，速计剿绝。卿及希仪，令革职回卫闲住。”辛卯，以兵荒，免华亭、上海、江阴、常熟四县存留税粮，仍于起运数内量行改折。
十一月辛丑，有倭二千余人，自海洋驾舟四十余艘，先后入川沙洼，与旧贼合势登岸，沿浦东一带，焚劫四团、八灶等处。甲寅，吏部给事中孙浚言：“近见督察侍郎赵文华，请罢应天府巡抚曹邦辅，参称约夹攻而后期。及考疏内所列邦辅督副总兵俞大猷进剿在九月十一日，浙兵次日方进，则后期之罪，不在直隶。矧今苏、松民士谓邦辅实心任事，称不容口。其前流劫留都之寇，又为邦辅所灭，功能了然。遽请斥罢，文华之意，殆不可晓。时东南用兵，寇势方炽，臣诚恐有妨大计，窃请事权归一，则责成专而无彼此牵制之患。昔汉祖任韩信专阃外，虽智如张良，不使干与，所以能成大功。方今江南之事，餐察司检稽，而战守大机当决之总督、巡抚兼提督，行伍专职当责之总兵。督抚统大纲，而城池仓库，奉行策应，当付之有司。不然，权分势轧，人皆掣肘，无以自尽其长。乞敕该部申明事权：督率不严，方略不慎，罪坐总督；钱粮不敷，调遣无法！罪坐巡抚；军令委靡，战阵退缩，罪坐总兵；策应不前，四境残破，罪坐郡县；检察无实，功罪不明，或昧机专断，强人从已，以致挠败，罪坐督察。”上从其言。
闰十一月癸亥，南京兵部尚书张鏊复：“兵部尚书杨博所议防守留都四事：一、南京城广而门多，不无兵分力寡，宜暂塞钟阜、清江二门，以便关防；一、附近之水军既属操江，屯军随屯耕战，安庆当长江上流，镇江逼苏、松寇患，俱难再调。惟滁州、宣州、建阳、安庆四卫之军，宜属溧阳兵备整饬，俟警征发。孝陵、锦衣等卫，神机等营军余，俱宜简练，以备战守；一、进鲜船只，坐拨余丁过多，宜量为裁省，以充营伍；一、南京西南滨临大江，足称天险，东南百里内外，宜设险置戍，远为控遏。陵寝近地，虽未易兴工，至如秣陵、淳化、江宁三镇原设巡司，弓兵单弱，宜增堡戍。”疏下兵部，言其复议悉妥。其暂塞二门，恐于神京风水妨碍，移文更审处之。癸酉，川兵游击曹克新击倭于嘉定之高桥，斩首二十八级。鏖战自辰及未，酉阳兵先溃，诸军遂败。越二日，克新复督蜀中土、汉兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠连弩手，奋锐冲贼，迎斩七十余级。右哨酉阳、邑梅等兵复溃，我军遂乱。为贼所乘，杀大渡河千户李灿、成都卫百户郑彦昇，川兵伤亡及溺死十四，诸军夺气。是时，调至客兵太多，督抚率无长略，不能以恩威驾驭，诸兵遂恣睢暴肆，不复奉约束。川兵初与山东兵斗，参将尚允绍几被杀。至于出战，皆自为进退。酉阳兵既败，即大噪夺舟径归。至苏州，赵文华犒慰谕留之，不敢诘也。
十二月癸巳，诏名南京新设二营为振武营。用兵部初议，选南京各卫余丁补正军三千，以都督段堂领之，使防守京城。又选孝陵卫余丁共三千人，以丰润伯曹松领之，使拱护陵寝。乙巳，督察浙、直军务侍郎赵文华，疏乞还京师。文华初奉命至浙，适广西田州等狼兵调至，其土官妇瓦氏等知寇有厚蓄，锐意请战。文华惑之，亟趋总督张经进兵。不得，则上书痛诋之。及湖兵至，经进战王江泾，大捷，竟以文华前谗被逮。代之者为周珫、杨宜，皆庸驽无远略。由是各兵漫涣，贼势益炽。文华激奖瓦氏亟战，亡其卒十七八，无尺寸功，文华乃大沮。及苏州殄灭流寇，文华欲攘功后期，计陶宅遭飓余寇，可取以自饰。乃大集浙、直水陆兵四面攻之，大败兵将伤亡甚众。复趋浙、直再进兵，皆不克。副使刘焘、巡抚曹邦辅仅以身免。文华始知贼未易图，即有归志。及十一月，川兵破周浦贼，俞大猷复有海洋之捷。文华遽言：“水陆成功，江南清宴，臣违阙日久，请归供本职。”是时，海洋回倭泊浦东，川抄旧巢及嘉定高桥皆有寇据。而新倭来者日众，浙东西破军杀将，羽书沓至。文华乃以寇息闻，其欺诞若此。
三十五年正月壬午，松江新场倭袭败官军于二桥，参将尚允绍等死之，亡其卒四百余人。丁亥，诏留南直隶去年起运粮草派乘米折银及浒墅钞关额课银给军饷。从应天抚臣请也。
二月壬辰，以直隶华亭、上海、嘉定县兵荒，停征税粮有差。乙巳，命操江都御史史褒善量调九江、安庆官军防守京口、圌山等处，添设把总指挥一员领之。初，上从部议，以南京营兵不宜出戍，悉令掣还。及是江南北俱被寇，自京口以西至南京各关隘戍守，尽仰外兵，不敢发京营一卒。于是应天、常、镇守臣，各称不便。兵部乃复为请，于近京龙潭、观音港、秣陵、淳化四处量发营兵与在城民兵戌之。其京口去京远者，听操江都御史以便宜调别卫军协守，固有是命。乙卯，升顺天府府丞叶镗为应天府尹。
三月乙亥，升兵部左侍郎翁溥为南京刑部尚书。丙戌，倭船四十余艘至乍浦登岸，流劫松江、嘉兴等处。
四月己丑，改礼部尚书王用宾为南京吏部尚书。巡按浙江御史赵孔昭奏：“两浙、苏、松连岁被倭，赴任官往往以道远限宽，得耽延规避。请革水程，使之无所藉口。”部复：“江南水路艰险，难以概革。今宜计其所受地，在二千里内可以刻期至者，革之，在外者仍与水程如故。”报可。戊戌，升山东左布政使孙应奎为都察院右副都御史，总理河道。辛丑，南直隶续至倭寇三千余人，犯镇江、瓜州、仪真等处。癸卯，以直隶镇海、太仓、金山、松江、青村、南汇诸卫、所被寇，改征屯粮折色一年。甲辰，江北倭寇流劫至圌山、山北等港。无为州同知齐恩率舟师迎战，败之。斩首百余级。恩长子尚文、次子嵩、叔仲实、弟宝荣、侄慎寅、友良、大卿、孙童俱在行。嵩年十八，骁勇善射，独前追贼至安港，恩等从之。会伏发，贼四面合围，恩等及其家丁钱凤等二十一人力战，皆死之，独嵩、慎寅得脱。贼乘胜遂至金山，杀镇江千户沈宗玉、王世臣于江中。庚戌，倭犯直隶西庵、沈庄、清水洼等处，总兵官俞大猷、苏松海防佥事董邦政帅兵击之，斩首三百五十余级，贼遁陶山。
五月壬戌，南京兵部尚书张鏊、巡抚凤阳都御史陈儒各奏：“海寇突入淮、扬，焚运船民舍，渐逼南都，乞速调客兵应援。”兵部议复，从之。癸亥，升浦口守御指挥使孙世勋为署都指挥佥事，提督南京金川等门官军。以南京兵部称，倭寇密迩，各门守卫军弱故也。丙戌，降海防佥事董邦政为苏州府同知，仍戴罪剿贼。坐督战退缩，为御史周如斗所劾也。未几，总督胡宗宪以四月中清水洼等处捷闻，称邦政及总兵俞大猷功。邦政得免戴罪，仍送吏部拟升四品职级，大猷复祖职。时，邦政闻左迁报，已移病先归。部疏未及上，如斗复论其怨望托病之罪，乞加重处。得旨：“东南多事之际，若迁谪官概因托病议罢，反遂其私。令亟催赴任，如再迟延，以法治之。”
六月甲午，升兼巡抚山西、江西右参政高捷为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。丙申，苏松寇自黄浦及七丫港遁出海，总兵俞大猷督水兵追战。大败之，斩首三百余级。辛亥，以南直隶被倭，命量留今年兑军漕粮，苏州、松江二府各五万石，常州三万石，镇江二万石，充军饷。
七月戊午，巡抚应天都御史张景贤奏，四月中福山港水兵叛降倭寇，引入内地劫掠。因劾把总指挥姜旦贪残激变等罪。诏巡按御史逮旦至京问。
八月壬辰，以四月倭寇掠瓜州，烧漕粮三万四千余石，夺总兵官署都督佥事方恩俸三月，下把总指挥、千百户等官于御史问。辛亥，官军进剿海寇徐海等于梁庄，大破，平之。初，海既缚献陈东等，退屯梁庄听抚，时索船索赏，进退未决，其众无所得食，稍稍出营掳掠。至是，官军四面俱集，保靖、容美兵自金山至，永顺兵自乍浦至，赵文华遂欲乘势剿海。执海众劫掠为词，使人责问之。海知有变，乃阻深堑自守，为迎战备。信好既绝，我师遂薄贼营，会大风纵火，诸军鼓噪从之。海等穷迫，皆同户投火中相枕籍死。于是浙、直倭寇悉平。
九月戊午，以直隶通州、泰州、江都、泰兴、海门、如皋六州、县被倭，免存留税粮有差。乙丑，以直隶应天等府水灾，苏、松、常、镇四府被倭，各量免秋粮及折征卫所屯粮有差。
十二且癸卯，尚书赵文华条陈防海事宜四事：“一，弛海禁。谓滨海细民，本籍采捕为生。后缘海禁过严，以致资生无策，相煽从盗。宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海道官编成排甲，稽验出入，照旧采捕；一、一事权。谓江海之防，祖宗设官分职，各有定守。迩缘倭患猖獗，随宜更设，以致事权不一，南北扞格，彼此推调。操江都御史出外驻扎，而听劾于巡江御史，既失居重驭轻之势；金山副总兵即旧之备倭总督，乃无会哨江北之权。钱粮仰给巡抚，兵船无所分属，卒然有警，难以调度。请以江海之防，分为三节：自南京至仪真为上节，责之操江衙门而会哨于仪真；自仪真至狼、福二山为中节，责之常、镇、仪、扬参将、把总，会哨于狼、福，而巡江御史驻扎镇江，参辖之，自狼、福至金山卫、江海相界为下节，责之苏、松参将、把总，而金山副总兵常川会哨，巡江御史兼辖之。其兵船、钱粮，各以所属巡抚料理，庶统属分明，临事可得实用；一、足兵饷。谓水陆客兵，缺行粮数月，乞留漕粮三十二万七千石，分贮要地，充十万客兵七八月之用，仍查催未完军饷粮银处补；一、举遗材。谓地方多故，负才遗佚之士，有扼腕思奋者，如原任翰林院编修唐顺之、右中允秦鸣夏暨参政胡松、翁大立、周相，副使李文进等，俱宜录用，以济时艰。”疏入，下所司复议，俱从之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：“狼、福二山，乃海寇出没之处，请增募水兵万人，福仓沙船三百艘，分发参将等官操练。”兵部复议，从之。
三十六年正月辛酉，升南京锦衣卫佥书、署都指挥佥事黄印为署都督佥事，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。