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康熙二十三年，裁厦门总兵官并中、左、右、三营等官为南澳镇，又裁海澄水师副将并三营等官（十九年，恢复厦门，以总兵镇守。至是，移水师提督驻札。二十四年，施靖海建衙署）。又是年，以提标左营游击分驻石码。
康熙二十七年，裁提标后营千总一人为澎湖千总。
康熙三十四年，裁提标中营参将，改设副将。
康熙三十九年，复设中营参将，裁副将。四十六年，裁参将，仍设副将。五十二年，裁副将，复设中营参将。
康熙五十八年，以提标中营守备分防，驻浯屿。
雍正五年，增设提标五营各千总二人、把总四人。
雍正十一年，复设水师提营后营千总一人。
乾隆十八年，增设浯屿把总一人。
乾隆二十年，拨水师提标后营外委一人驻坂头村。
乾隆四十七年，通省增设额外外委四十七人（以上俱「会典」）。
兵额裁设
康熙十九年，以攻克金门、厦门两岛之岳州战兵三千名为提标中、左、右三营兵（提督万正色奏）。
康熙二十二年，添设战、守兵二千名为提标前、后二营兵（提督施琅奏）。
康熙三十五年，裁提标战兵二百名为督标水师营兵。
乾隆三十七年，以中、左、右三营战兵改如前、后两营体例，分别战守（提督黄仕简奏）。
乾隆四十六年，以公粮改为公费，裁五营守兵共一百四十名。
乾隆四十八年，裁武职随丁名粮三百六十名，又裁武职随粮、另给养廉正项以随粮改添五营实兵六百名。又拨提标兵四十五名赴台湾北路淡水营。
乾隆五十三年，裁提标战、守兵二百五十名赴台湾北路嘉义左营。
嘉庆七年，裁提标战、守兵一百六十五名赴福宁左营。
嘉庆十年，添设提标五营新兵二千名捕御海寇，俱给战饷（总督王德奏）。
嘉庆十六年，裁提标战、守兵一百十五名赴台湾艋舺营。
嘉庆十八年，裁提标新兵赴福宁左营为额兵三百名。
嘉庆二十年，裁新兵八百五十名。
嘉庆二十二年，裁新兵一百七十五名。
道光元年，裁战兵五十名，又裁新兵三百七十名。
道光十一年，裁新兵一百名。又裁新兵八十八名归金门镇标，驻防谾口。
道光十二年，裁新兵一百十七名为西疆制额（以上俱营册）。
水师提标五营兵额，除裁改外，存战、守额兵共四千二百七十五名。五营以战兵五十名为外委，额外名粮，以守兵二十四名为柁工炊粮（水师战舰以柁工为重，故支领名粮，得以兼饷，谓之炊粮。但谙习水务，才有优劣，粮亦有差等。柁工支领守兵粮饷，或四、五名，或二、三名不等）。
水师提督统辖福建全省水师军务，驻札厦门，节制金门、海坛、南澳三镇兼台湾、澎湖；领水师提标中、左、右、前、后五营中军参将一员、游击四员、守备五人、千总十人、把总二十人、外委三十人、额外外委二十人。一年亲巡南洋金门、铜山、南澳等处，一年巡北洋海坛、闽安、三沙、烽火门等处，二年而遍。巡阅台湾隔二年一次，与将军、总督、巡抚、陆路提督分年轮巡。
汛防
五营汛防
中营水师中军参将一员，驻札厦门城内；首领五营军务。守备一员，驻防海澄浯屿汛。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十一名（战兵四百二十八名、守兵四百十三名），战船九只、桨船五只。防守城东门，轮派千把总以下一员、兵十名（城内防守五营，各分地界存案）。分防高崎汛，外委一员、兵三十名。分防浯屿汛，守备一员、兵一百名，战船一只；兼辖深坞澳口等五汛，共领兵一百九十四名（深坞澳口汛兵二十五名、岛美汛兵二十名、卓崎汛兵十三名、大径港口汛兵十一名、浯屿南北炮台兵三十二名）。分防海门水汛，千总一员、兵六十名，战船二只；兼辖容川等四汛，共领兵一百三十三名（容川码汛兵三十名、青浦汛兵二十名、十八间塘兵三名、圭屿汛兵二十名。以上各汛，隔水海澄县属）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门外武庙堆，兵十名；怀德宫堆、水仙宫堆、鬼仔潭堆、接官亭堆，各兵五名。
左营水师游击一员，领兵二百名，防驻龙溪石码寨。守备一员，驻防厦门城外洪本部渡头。千总二员、把总四员、外委六名、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船八只、桨船四只。防守城北门，轮派千把总一员、兵十名。分防木屐街汛，千总一员、兵一百三十六名，战船一只；兼辖南台等四汛，共领兵一百八十六名（南台汛兵二十名、港口汛兵十名、龙海桥汛兵十名、乌礁汛兵十名）。分防福浒汛，把总一员、兵五十名；辖北溪头等四汛：北溪头汛兵十名，福河汛兵十名（以上各汛，隔水龙溪县属），五通汛轮派外委额外一员、兵十四名，蛟塘汛兵六名（隶五通汛，俱在厦门）。分防小担门汛，外委一员、兵四十名，战船一只（隔水同安县属）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门草仔埯堆兵十名（系山后堆、火仔埯堆移此）；程厝口堆、外清箭道堆，各兵五名。
右营水师游击一员，驻防城外双连池，分巡内外洋。守备一员，驻防城外打锡箔巷。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名，战船九只、桨船二只：防守城南门，轮派千把总以下各一员、兵十名。分防玉洲汛，千把总一员、兵五十名，战船一只；辖三叉〔河〕等六汛，共领兵一百八十五名（澳头汛兵二十名、石美汛兵二十名、三叉河汛兵五十名、许茂汛兵十名、东尾汛兵三十名、乌屿汛，兵五名。以上各汛，隔水龙溪县属）。分防大担后炮台汛，外委一员、兵四十名（隔水同安县属）；东澳汛，兵十名（隶大担后炮台汛）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门石泉堆、石烛堆、宝月殿堆、王公宫堆、黄厝宫堆、养真宫堆，各兵八名；靖山头堆，兵二十名（原配兵八名，后添兵十二名）。
前营水师游击一员，驻防城外万寿宫，分巡内外洋。守备一员，驻防城外厦门港。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船十只、桨船四只。防守镇南关，轮派千把总以下一员、兵二十名。分防海沧汛，千总一员、兵六十名，战船一只；兼辖桥梁尾等七汛，共领兵一百一十名（桥梁尾汛兵五名、三都汛兵五名、新埯汛兵五名、排头门汛兵五名、嵩屿汛轮派外委一员、兵二十名，鼎尾汛兵五名、白礁汛兵五名。以上各汛，隔水海澄县属）。分防鼓浪屿汛，轮派外委额外一员、兵四十名（与厦门隔水）。分防安海汛，轮派外委额外一员、兵三十名；协防乌坑园、曾厝埯等汛、黄厝社炮台（配兵一名。安海汛、黄厝社俱在厦门）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门打石字堆，兵十名；后堀桥堆，兵五名；尫下桥堆，兵六名；后崎尾堆，兵十名。
后营水师游击一员，驻防城外关仔内，分巡内外洋。守备一员，驻防城外局口街。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船十一只、桨船四只。防守城西门，专派千总以下一员、兵十名。分防刘五店汛，千把总一员、兵五十名，战船一只；兼辖澳头等七汛，共领兵一百八十三名（澳头汛轮派外委一员、兵二十名，石浔汛兵二十名，■〈氵丙〉洲汛兵十名；浔尾汛轮派外委额外一员、兵四十名，高浦汛兵十名，马銮汛兵十名，坂头汛轮派外委一员、兵二十名）。分防大担前炮台汛，把总一员、兵四十名（以上各汛，隔水同安县属）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门金鸡亭汛，兵三名；圣林塘汛，兵五名；深田内堆、桂州堆，配兵十名；溪岸尾堆，兵二十名（系尾头堆移此）；内水仙堆，兵十名（系新设）；斗涵堆，兵五名。
以上汛地在漳州府属者，康熙二十一年进剿台、澎，暂交陆路管辖。二十三年，仍归水师（「漳州府志」）。
五营公汛
大担门水汛五营既各派营弁一员、船一只、兵四十名防守巡缉；大担为厦口要冲，又专派将备按月轮值：单月轮右、前、后三营游击一员，双月轮五营守备一员，巡防汛口，稽查船只，兼查大担水汛哨船。
白石头汛五营输派千把总一员，匀配兵五十名。
水操台五营轮派外委额外一员，匀配兵共二十五名。
厦门港炮台五营轮派千把总一员，匀配兵二十五名。
演武亭五营轮派外委额外一员，匀配兵共二十名，共相防守。
会哨
提标各官每年出洋巡哨，分中、南、北三路。中哨轮值右、前、后三营游击一员，领千把总、外委四员，带五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉金、厦洋面，订期会哨，听金门镇调度。北哨轮派五营千把总、外委四员，领五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉北洋，订期会哨，听海坛镇调度。南哨轮派五营千把总、外委二员，领五营战、守兵驾坐哨船二只，巡缉南洋，订期会哨，听南澳镇调度。每哨四个月，以二、六、十等月为始，哨满更代，迭相轮转。右、前、后三营期满，轮值驾船带兵巡哨汛地内洋，五营守备按期巡哨汛地港面。
操演
提标五营军士，有轮换出洋随缉者、有戍守汛地者、有在营差操者。平时挑选，由千、把教习技艺。按期提督选将备一员为督操官，教演熟习，中军参将阅之。每年之冬，提督阅之，水、陆操各一次：陆操，五营会合大小二十四队及杂色兵共一千八百八十五名；水操，用船十只，合兵五百七十六名。五年，总督巡阅一次：陆操，提标五营，合金门左右二营、南澳左营、铜山营兵一千四百五十六名；水操，提标五营，合金门、南澳、铜山各营共兵五百七十六名。
班兵
班兵，海外台、澎之戍兵也。三年一更，分四起作两年春、秋二仲配换。头起，提标五营拨换安平营〔兵〕二百三十七名、艋舺营兵十九名、澎湖左营兵八十九名、外委一员；二起，拨换澎湖左营兵一百三十名、额外一员；三起，拨换澎湖左营兵一百三十名、外委一员；四起，拨换沪尾水师兵一百一十五名、外委一员、澎湖左营兵八十一名、额外二员。
凡换班兵丁，上府各营换艋舺、淡水等营者，由五虎门对渡；换彰化各营者，由蚶江对渡；其督抚将军三标、陆提标换班台郡凤山各营者，均由厦门配渡。总督方维甸奏定：营船、商船并用。后因水师各营弁多封商船，总督庆保通饬禁止。适遇饷银、班兵、公务紧急（凡台饷皆厦门提标大号战船配载），兵船不敷，方准添雇；亦须预期详请批准，檄行由厦防同知备办协济。道光十三年，总督程祖洛专定水师各标兵船，不准雇用商船（以上档册）。