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议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：“亲集故道，故老言‘铜帮铁底’，当开，但岁俭费繁，未能遽行。”又言：“黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌人漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不浚自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。”帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
十七年六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯浚魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山阳复河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐浸伤。工部尚书曾同亨上其事，议者纷起。乃命工科给事中张贞观往泗州勘视水势，而从给事中杨其休言，放季驯归，用舒应龙为工部尚书总督河道。
二十年三月，季驯将去，条上辨惑者六事，力言河不两行，新河不当开，支渠不当浚。又著书曰河防一览，大旨在筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合则流急，急则荡涤而河深；分则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自辟而无待於开。其治堤之法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。法甚详，言甚辩。然当是时，水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水。季驯谓当自消，已而不验。於是季驯言诎，而分黄导淮之议由此起矣。
贞观抵泗州言：“臣谒祖陵，见泗城如水上浮盂，盂中之水复满。祖陵自神路至三桥、丹墀，无一不被水。且高堰危如累卵，又高、宝隐祸也。今欲泄淮，当以辟海口积沙为第一义。然泄淮不若杀黄，而杀黄於淮流之既合，不若杀於未合。但杀於既合者与运无妨，杀於未合者与运稍碍。别标本，究利害，必当杀於未合之先。至於广入海之途，则自鲍家口、黄家营至鱼沟、金城左右，地势颇下，似当因而利导之。”贞观又会应龙及总漕陈於陛等言：“淮、黄同趋者惟海，而淮之由黄达海者惟清口。自海沙开浚无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、宝，而兴、泰运堤亦冲决矣。今议辟清口沙，且分黄河之流於清口上流十里地，去口不远，不至为运道梗。分於上，复合於下，则冲海之力专。合必於草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。塞鲍家口、黄家营二决，恐横冲新河，散溢无归。两岸俱堤，则东北清、沭、海、安ＡＨ下地不虞溃决。计费凡三十六万有奇。若海口之塞，则潮汐莫窥其涯，难施畚锸。惟淮、黄合流东下，河身涤而渐深，海口刷而渐辟，亦事理之可必者。”帝悉从其请。乃议於清口上流北岸，开腰铺支河达於草湾。
既而淮水自决张福堤。直隶巡按彭应参言：“祖陵度可无虞，且方东备倭警，宜暂停河工。”部议令河臣熟计。应龙、贞观言：“为祖陵久远计，支河实必不容已之工，请候明春倭警宁息举行。”其事遂寝。
二十一年春，贞观报命，议开归、徐达小河口，以救徐、邳之溢；导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。下总河会官集议，未定。五月，大雨，河决单县黄堌口，一由徐州出小浮桥，一由旧河达镇口闸。邳城陷水中，高、宝诸湖堤决口无算。明年，湖堤尽筑塞，而黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，於是挟上源阜陵诸湖与山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹没。二十三年，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患益急矣。
先是，御史陈邦科言：“固堤束水未收刷沙之利，而反致冲决。法当用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河浅夫乘时捞浅，则沙不停而去，一也。官民船往来，船尾悉系钯犁，乘风搜涤，则沙不宁而去，二也。仿水磨、水碓之法，置为木机，乘水滚荡，则沙不留而去，三也。至淮必不可不会黄，故高堰断不可弃。湖溢必伤堤，故周家桥溃处断不可开。已弃之道必淤满，故老黄河、草湾等处断不可。”疏下所司议。户部郎中华存礼则请复黄河故道，并浚草湾。而是时腰铺犹未开，工部侍郎沈节甫言：“复黄河未可轻议，至诸策皆第补偏救弊而已，宜概停罢。”乃召应龙还工部，时二十二年九月也。
既而给事中吴应明言：“先因黄河迁徙无常，设遥、缕二堤束水归漕，及水过沙停，河身日高，徐、邳以下居民尽在水底。今清口外则黄流阻遏，清口内则淤沙横截，强河横灌上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄於盱、泗者遂为祖陵患矣。张贞观所议腰铺支河归之草湾，或从清河南岸别开小河至骆家营、马厂等地，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。”至治泗水，则有议开老子山，引淮水入江者。宜置闸以时启闭，拆张福堤而堤清口，使河水无南向。部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图以进，因上疏言：
“黄高淮壅，起於嘉靖末年河臣凿徐、吕二洪巨石，而沙日停，河身日高，溃决由此起。当事者计无复之，两岸筑长堤以束，曰缕堤。缕堤复决，更於数里外筑重堤以防，曰遥堤。虽岁决岁补，而莫可谁何矣。
黄、淮交会，本自清河北二十里骆家营，折而东至大河口会淮，所称老黄河是也。陈瑄以其迂曲，从骆家营开一支河，为见今河道，而老黄河淤矣。万历间，复开草湾支河，黄舍故道而趋，以致清口交会之地，二水相持，淮不胜黄，则窜入各闸口，淮安士民於各闸口筑一土埂以防之。嗣后黄、淮暴涨，水退沙停，清口遂淤，今称门限沙是也。当事者不思挑门限沙，乃傍土埂筑高堰，横亘六十里，置全淮正流之口不事，复将从旁入黄之张福口一并筑堤塞之，遂倒流而为泗陵患矣。前岁，科臣贞观议辟门限沙，裁张福堤，其所重又在支河腰铺之开。
总之，全口淤沙未尽挑辟，即腰铺工成，淮水未能出也，况下流鲍、王诸口已决，难以施工。岂若复黄河故道，尽辟清口淤沙之为要乎？且疏上流，不若科臣应明所议，就草湾下流浚诸决口，俾由安东归五港，或於周家桥量为疏通，而急塞黄堌口，挑萧、砀渠道，浚符离浅阻。至宿迁小河为淮水入黄正路，急宜挑辟，使有所归。”
应龙言：“张福堤已决百馀丈，清口方挑沙，而腰铺之开尤不可废。”工部侍郎沈思孝因言：“老黄河自三义镇至叶家冲仅八千馀丈，河形尚存。宜亟开浚，则河分为二，一从故道抵颜家河入海，一从清口会淮，患当自弭。请遣风力科臣一人，与河漕诸臣定画一之计。”乃命礼科给事中张企程往勘。而以水患累年，迄无成画，迁延糜费，罢应龙职为民，常居敬、张贞观、彭应参等皆谴责有差。御史高举请11111111111
“疏周家桥，裁张福堤，辟门限沙，建滚水石坝於周家桥、大小涧口、武家墩、绿杨沟上下，而坝外浚河筑岸，使行地中。改塘埂十二闸为坝，灌闸外十二河，以辟入海之路。浚芒稻河，且多建滨江水闸，以广入江之途。然海口日壅，则河沙日积，河身日高，而淮亦不能安流。有灌口者，视诸口颇大，而近日所决蒋家、鲍家、畀家三口直与相射，宜挑浚成河，俾由此入海。”工部主事樊兆程亦议辟海口，而言：“旧海口决不可浚，当自鲍家营至五港口挑浚成河，令从灌口入海。”俱下工部。请并委企程勘议。
是时，总河工部尚书杨一魁被论，乞罢，因言：“清口宜浚，黄河故道宜复，高堰不必修，石堤不必砌，减水闸坝不必用。”帝不允辞，而诏以尽心任事。御史夏之臣则言：“海口沙不可劈，草湾河不必浚，腰铺新河四十里不必开，云梯关不必辟，惟当急开高堰，以救祖陵。”且言：“历年以来，高良涧土堤每遇伏秋即冲决，大涧口石堤每遇汹涌即崩溃。是高堰在，为高、宝之利小；而高堰决，则为高、宝之害大也。孰若明议而明开之，使知趋避乎？”给事中黄运泰则又言：“黄河下流未泄，而遽开高堰、周桥以泄淮水，则淮流南下，黄必乘之，高、宝间尽为沼，而运道月河必冲决矣。不如浚五港口，达灌口门，以入於海之为得也。”诏并行勘议。
企程乃上言：“前此河不为陵患，自隆庆末年高、宝、淮、扬告急，当事狃於目前，清口既淤，又筑高堰以遏之，堤张福以束之，障全淮之水与黄角胜，不虞其势不敌也。迨后甃石加筑，堙塞愈坚，举七十二溪之水汇於泗者，仅留数丈一口出之，出者什一，停者什九。河身日高，流日壅，淮日益不得出，而潴蓄日益深，安得不倒流旁溢为泗陵患乎？今议疏淮以安陵，疏黄以导淮者，言人人殊。而谓高堰当决者，臣以为屏翰淮、扬，殆不可少。莫若於其南五十里开周家桥注草子湖，大加开浚，一由金家湾入芒稻河注之江，一由子婴沟入广洋湖达之海，则淮水上流半有宣泄矣。於其北十五里开武家墩，注永济河，由窑湾闸出口直达泾河，从射阳湖入海，则淮水下流半有归宿矣。此急救祖陵第一义也。”会是时，祖陵积水稍退，一魁以闻，帝大悦，仍谕诸臣急协议宣泄。
於是企程、一魁共议欲分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄。而督漕尚书褚鈇则以江北岁祲，民不堪大役，欲先泄淮而徐议分黄。御史应元折衷其说，言：“导淮势便而功易，分黄功大而利远。顾河臣所请亦第六十八万金，国家亦何靳於此？”御史陈煃尝令宝应，虑周家桥既开，则以高邮、邵伯为壑，运道、民产、盐场交受其害，上疏争之，语甚激，大旨分黄为先，而淮不必深治。且欲多开入海之路，令高、宝诸湖之水皆东，而后周家桥、武家墩之水可注。而淮安知府马化龙复进分黄五难之说。颍州兵备道李弘道又谓宜开高堰。鈇遂据以上闻。给事中林熙春驳之，言：“淮犹昔日之淮，而河非昔日之河，先是河身未高，而淮尚安流，今则河身既高，而淮受倒灌，此导淮固以为淮，分黄亦以为淮。”工部乃覆奏云：“先议开腰铺支河以分黄流，以倭儆、灾伤停寝，遂贻今日之患。今黄家坝分黄之工若复沮格，淮壅为害，谁职其咎？请令治河诸臣导淮分黄，亟行兴举。”报可。
二十四年八月，一魁兴工未竣，复条上分淮导黄事宜十事。十月，河工告成，直隶巡按御史蒋春芳以闻，复条上善后事宜十六事。乃赏赉一魁等有差。是役也，役夫二十万，开桃源黄河坝新河，起黄家嘴，至安东五港、灌口，长三百馀里，分泄黄水入海，以抑黄强。辟清口沙七里，建武家墩、高良涧、周家桥石闸，泄淮水三道入海，且引其支流入江。於是泗陵水患平，而淮、扬安矣。
然是时一魁专力桃、清、淮、泗间，而上流单县黄堌口之决，以为不必塞。鈇及春芳皆请塞之。给事中李应策言：“漕臣主运，河臣主工，各自为见。宜再令析议。”一魁言：“黄堌口一支由虞城、夏邑接砀山、萧县、宿州至宿迁，出白洋河，一小支分萧县两河口，出徐州小浮桥，相距不满四十里。当疏浚与正河会，更通镇口闸里湖之水，与小浮桥二水会，则黄堌口不必塞，而运道无滞矣。”从之。於是议浚小浮桥、沂河口、小河口以济徐、邳运道，以泄砀、萧漫流，掊归仁堤以护陵寝。
是时，徐、邳复见清、泗运道不利，鈇终以为忧。二十五年正月，复极言黄堌口不塞，则全河南徙，害且立见。议者亦多恐下啮归仁，为二陵患。三月，小浮桥等口工垂竣，一魁言：
“运道通利，河徙不相妨，已有明验。惟议者以祖陵为虑，请徵往事折之。洪武二十四年，河决原武，东南至寿州入淮。永乐九年，河北入鱼台。未几复南决，由涡河经怀远入淮。时两河合流，历凤、泗以出清口，未闻为祖陵患。正统十三年，河北冲张秋。景泰中，徐有贞塞之，复由涡河入淮。弘治二年，河又北冲，白昂、刘大夏塞之，复南流，一由中牟至颍、寿，一由亳州至涡河入淮，一由宿迁小河口会泗。全河大势纵横颍、亳、凤、泗间，下溢符离、睢、宿，未闻为祖陵虑，亦不闻堤及归仁也。
正德三年后，河渐北徙，由小浮桥、飞云桥、谷亭三道入漕，尽趋徐、邳，出二洪，运道虽济，而泛溢实甚。嘉靖十一年，硃裳始有涡河一支中经凤阳祖陵未敢轻举之说。然当时犹时浚祥符之董盆口、宁陵之五里铺、荥泽之孙家渡、兰阳之赵皮寨，又或决睢州之地丘店、界牌口、野鸡冈，宁陵之杨村铺，俱入旧河，从亳、凤入淮，南流未绝，亦何尝为祖陵患？
嘉靖二十五年后，南流故道始尽塞，或由秦沟入漕，或由浊河入漕。五十年来全河尽出徐、邳，夺泗入淮。而当事者方认客作主，日筑堤而窘之，以致河流日壅，淮不敌黄，退而内潴，遂贻盱、泗祖陵之患。此实由内水之停壅，不由外水之冲射也。万历七年，潘季驯始虑黄流倒灌小河、白洋等口，挟诸河水冲射祖陵，乃作归仁堤为保障计，复张大其说，谓祖陵命脉全赖此堤。习闻其说者，遂疑黄堌之决，下啮归仁，不知黄堌一决，下流易泄，必无上灌之虞。况今小河不日竣工，引河复归故道，云归仁益远，奚烦过计为？”报可。
一魁既开小浮桥，筑义安山，浚小河口，引武沂泉济运。及是年四月，河复大决黄堌口，溢夏邑、永城，由宿州府离桥出宿迁新河口入大河，其半由徐州入旧河济运。上源水枯，而义安束水横坝复冲二十馀丈，小浮桥水脉微细，二洪告涸，运道阻涩。一魁因议挑黄堌口迤上埽湾、淤嘴二处，且大挑其下李吉口北下浊河，救小浮桥上流数十里之涸。复上言：“黄河南旋至韩家道、盘岔河、丁家庄，俱岸阔百丈，深逾二丈，乃铜帮铁底故道也。至刘家ＡＨ，始强半南流，得山西坡、永涸湖以为壑，出溪口入符离河，亦故道也。惟徐、邳运道浅涸，所以首议开小浮桥，再加挑辟，必大为运道之利。乃欲自黄堌挽回全河，必须挑四百里淤高之河身，筑三百里南岸之长堤，不惟所费不赀，窃恐后患无已。”御史杨光训等亦议挑埽湾直渠，展济浊河，及筑山西坡归仁堤，与一魁合，独鈇异议。帝命从一魁言。
一魁复言：“归仁在西北，泗州在东南，相距百九十里，中隔重冈叠嶂。且归仁之北有白洋河、硃家沟、周家沟、胡家沟、小河口泄入运河，势如建瓴，即无归仁，祖陵无足虑。浊河淤垫，高出地上，曹、单间阔一二百丈，深二三丈，尚不免横流，徐、邳间仅百丈，深止丈馀，徐西有浅至二三尺者，而夏、永、韩家道口至符离，河阔深视曹、单，避高就下，水之本性，河流所弃，自古难复。且运河本籍山东诸泉，不资黄水，惟当仿正统间二洪南北口建闸之制，於镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸，节宣汶、泗，而以小浮桥、沂河口二水助之，更於镇口西筑坝截黄，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤镇口之害，实万全计也。”报可。
二十六年春，从杨光训等议，撤鈇，命一魁兼管漕运。六月，召一魁掌部事，命刘东星为工部侍郎，总理河漕。
二十七年春，东星上言：“河自商、虞而下，由丁家道口抵韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，出小浮桥下二洪，乃贾鲁故道也。自元及我朝行之甚利。嘉靖三十七年北徙浊河，而此河遂淤。潘季驯议复开之，以工费浩繁而止。今河东决黄堌，由韩家道口至赵家圈百馀里，冲刷成河，即季驯议复之故道也。由赵家圈至两河口，直接三仙台新渠，长仅四十里，募夫五万浚之，逾月当竣，而大挑运河，小挑浊河，俱可节省。惟李吉口故道尝挑复淤，去冬已挑数里，前功难弃，然至镇口三百里而遥，不若赵家圈至两河口四十里而近。况大浮桥已建闸蓄汶、泗之水，则镇口济运亦无藉黄流。”报可。十月，功成，加东星工部尚书，一魁及馀官赏赉有差。
初，给事中杨廷兰因黄堌之决，请开泇河，给事中杨应文亦主其说。既而直隶巡按御史佴祺复言之。东星既开赵家圈，复采众说，凿泇河，以地多沙石，工未就而东星病。河既南徙，李吉口淤氵殿日高，北流遂绝，而赵家圈亦日就淤塞，徐、邳间三百里，河水尺馀，粮艘阻塞。
二十九年秋，工科给事中张问达疏论之。会开、归大水，河涨商丘，决萧家口，全河尽南注。河身变为平沙，商贾舟胶沙上。南岸蒙墙寺忽徙置北岸，商、虞多被淹没，河势尽趋东南，而黄堌断流。河南巡抚曾如春以闻，曰：“此河徙，非决也。”问达复言：“萧家口在黄堌上流，未有商舟不能行於萧家口而能行於黄堌以东者，运艘大可虑。”帝从其言，方命东星勘议，而东星卒矣。问达复言：“运道之坏，一因黄堌口之决，不早杜塞；更因并力泇河，以致赵家圈淤塞断流，河身日高，河水日浅，而萧家口遂决，全河奔溃入淮，势及陵寝。东星已逝，宜急补河臣，早定长策。”大学士沈一贯、给事中桂有根皆趣简河臣。
御史高举献三策。请浚黄堌口以下旧河，引黄水注之东，遂塞黄堌口，而遏其南，俟旧河冲刷深，则并塞新决之口。其二则请开泇河及胶莱河，而言河漕不宜并於一人，当选择分任其事。江北巡按御史吴崇礼则请自蒙墙寺西北黄河湾曲之所，开浚直河，引水东流。且浚李吉口至坚城集淤道三十馀里，而尽塞黄堌以南决口，使河流尽归正漕。工部尚书一魁酌举崇礼之议，以开直河、塞黄堌口、浚淤道为正策，而以泇河为旁策，胶莱为备策。帝命急挑旧河，塞决口，且兼挑泇河以备用。下山东抚按勘视胶莱河。
三十年春，一魁覆河抚如春疏言：“黄河势趋邳、宿，请筑汴堤自归德至灵、虹，以障南徙。且疏小河口，使黄流尽归之，则弥漫自消，祖陵可无患。”帝喜纳之。已而言者再疏攻一魁。帝以一魁不塞黄堌口，致冲祖陵，斥为民。复用崇礼议，分设河漕二臣，命如春为工部侍郎，总理河道。如春议开虞城王家口，挽全河东归，须费六十万。
三十一年春，山东巡抚黄克缵言：“王家口为蒙墙上源，上流既达，则下流不可旁泄，宜遂塞蒙墙口。”从之。时蒙墙决口广八十馀丈，如春所开新河未及其半，塞而注之，虑不任受。有献策者言：“河流既回，势若雷霆，藉其势冲之，浅者可深也。”如春遂令放水，水皆泥沙，流少缓，旋淤。夏四月，水暴涨，冲鱼、单、丰、沛间，如春以忧卒。乃命李化龙为工部侍郎，代其任。
给事中宋一韩言：“黄河故道已复，陵、运无虞。决口惧难塞，宜深浚坚城以上浅阻，而增筑徐、邳两岸，使下流有所容，则旧河可塞。”给事中孟成己言：“塞旧河急，而浚新河尤急。”化龙甫至，河大决单县苏家庄及曹县缕堤，又决沛县四铺口太行堤，灌昭阳湖，入夏镇，横冲运道。化龙议开泇河，属之邳州直河，以避河险。给事中侯庆远因言：“泇河成，则他工可徐图，第毋纵河入淮。淮利则洪泽水减，而陵自安矣。”
三十二年正月，部覆化龙疏，大略言：“河自归德而下，合运入海，其路有三：由兰阳道考城至李吉口，过坚城集，入六座楼，出茶城而向徐、邳，是名浊河，为中路；由曹、单经丰、沛，出飞云桥，泛昭阳湖，入龙塘，出秦沟而向徐、邳，是名银河，为北路；由潘家口过司家道口，至何家堤，经符离，道睢宁，入宿迁，出小河口入运，是名符离河，为南路。南路近陵，北路近运，惟中路既远於陵，且可济运，前河臣兴役未竣，而河形尚在。”因奏开泇有六善。帝从其议。
工部尚书姚继可言：“黄河冲徙，河臣议於坚城集以上开渠引河，使下流疏通，复分六座楼、苑家楼二路杀其水势，既可移丰、沛之患，又不至沼砀山之城。开泇分黄，两工并举，乞速发帑以济。”允之。八月，化龙奏分水河成。事具《泇河志》中。加化龙太子少保兵部尚书。会化龙丁艰候代，命曹时聘为工部侍郎，总理河道。是秋，河决丰县，由昭阳湖穿李家港口，出镇口，上灌南阳，而单县决口复溃，鱼台、济宁间平地成湖。
三十三年春，化龙言：“丰之失，由巡守不严，单之失，由下埽不早，而皆由苏家庄之决。南直、山东相推诿，请各罚防河守臣。至年来缓堤防而急挑浚，堤坏水溢，不咎守堤之不力，惟委浚河之不深。夫河北岸自曹县以下无入张秋之路，南岸自虞城以下无入淮之路，惟由徐、邳达镇口为运道。故河北决曹、郓、丰、沛间，则由昭阳湖出李家口，而运道溢；南决虞、夏、徐、邳间，则由小河口及白洋河，而运道涸。今泇河既成，起直河至夏镇，与黄河隔绝，山东、直隶间，河不能制运道之命。独硃旺口以上，决单则单沼，决曹则曹鱼，及丰、沛、徐、邳、鱼、砀皆命悬一线堤防，何可缓也？至中州荆隆口、铜瓦厢皆入张秋之路，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺皆入淮之路，一不守，则北坏运，南犯陵，其害甚大。请西自开封，东至徐、邳，无不守之地，上自司道，下至府县，无不守之人，庶几可息河患。”乃敕时聘申饬焉。
其秋，时聘言：“自苏庄一决，全河北注者三年。初泛丰、沛，继沼单、鱼，陈灿之塞不成，南阳之堤尽坏。今且上灌全济，旁侵运道矣。臣亲诣曹、单，上视王家口新筑之坝，下视硃旺口北溃之流，知河之大可忧者三，而机之不可失者二。河决行堤，泛溢平地，昭阳日垫，下流日淤，水出李家口者日渐微缓，势不得不退而上溢。溢於南，则孙家渡、野鸡冈皆入淮故道，毋谓蒙墙已塞，而无忧於陵。溢於北，则芝麻庄、荆隆口皆入张秋故道，毋谓泇役已成，而无忧於运。且南之夏、商，北之曹、濮，其地益插，其祸益烈，其挽回益不易，毋谓灾止鱼、济，而无忧于民。顾自王家口以达硃旺，新导之河在焉。疏其下流以出小浮桥，则三百里长河畅流，机可乘者一。
自徐而下，清黄并行，沙随水刷，此数十年所未有，因而导水归徐，容受有地，机可乘者二。臣与诸臣熟计，河之中路有南北二支：北出浊河，尝再疏再壅；惟南出小浮桥，地形卑下，其势甚顺，度长三万丈有奇，估银八十万两。公诸虚耗，乞多方处给。”疏上留中。时聘乃大挑硃旺口。十一月兴工，用夫五十万。三十四年四月，工成，自硃旺达小浮桥延袤百七十里，渠广堤厚，河归故道。
六月，河决萧县郭暖楼人字口，北支至茶城、镇口。三十五年，决单县。三十九年六月，决徐州狼矢沟。四十年九月，决徐州三山，冲缕堤二百八十丈，遥堤百七十馀丈，梨林铺以下二十里正河悉为平陆，邳、睢河水耗竭。总河都御史刘士忠开韩家坝外小渠引水，由是坝以东始通舟楫。四十二年，决灵璧陈铺。四十四年五月，复决狼矢沟，由蛤鳗、周柳诸湖入泇河，出直口，复与黄会。六月，决开封陶家店、张家湾，由会城大堤下陈留，入亳州涡河。四十七年九月，决阳武脾沙堽，由封丘、曹、单至考城，复入旧河。时朝政日驰，河臣奏报多不省。四十二年，刘士忠卒，总河阅三年不补。四十六年闰四月，始命工部侍郎王佐督河道。河防日以废坏，当事者不能有为。
天启元年，河决灵譬双沟、黄铺，由永姬湖出白洋、小河口，仍与黄会，故道湮涸。总河侍郎陈道亨役夫筑塞。时淮安霪雨连旬，黄、淮暴涨数尺，而山阳里外河及清河决口汇成巨浸，水灌淮城，民蚁城以居，舟行街市。久之始塞。三年，决徐州青田大龙口，徐、邳、灵、睢河并淤，吕梁城南隅隐，沙高平地丈许，双沟决口亦满，上下百五十里悉成平陆。四年六月，决徐州魁山堤，东北灌州城，城中水深一丈三尺，一自南门至云龙山西北大安桥入石狗湖，一由旧支河南流至邓二庄，历租沟东南以达小河，出白洋，仍与黄会。徐民苦淹溺，议集赀迁城。给事中陆文献上徐城不可迁六议。而势不得已，遂迁州治於云龙，河事置不讲矣。六年七月，河决淮安，逆入骆马湖，灌邳、宿。
崇祯二年春，河决曹县十四铺口。四月，决睢宁，至七月中，城尽圮。总河侍郎李若星请迁城避之，而开邳州坝泄水入故道，且塞曹家口匙头湾，逼水北注，以减睢宁之患。从之。四年夏，河决原武湖村铺，又决封丘荆隆口，败曹县塔儿湾大行堤。六月黄、淮交涨，海口壅塞，河决建义诸口，下灌兴化、盐城，水深二丈，村落尽漂没。逡巡逾年，始议筑塞。兴工未几，伏秋水发，黄、淮奔注，兴、盐为壑，而海潮复逆冲，坏范公堤。军民及商灶户死者无算，少壮转徙，丐江、仪、通、泰间，盗贼千百啸聚。至六年，盐城民徐瑞等言其状。帝悯之，命议罚河曹官。而是时，总河硃光祚方议开高堰三闸。淮、扬在朝者合疏言：“建义诸口未塞，民田尽沉水底。三闸一开，高、宝诸邑荡为湖海，而漕粮盐课皆害矣。高堰建闸始於万历二十三年，未几全塞。今高堰日坏，方当急议修筑，可轻言开浚乎？”帝是其言，事遂寝。又从御史吴振缨请，修宿、宁上下西北旧堤，以捍归仁。七年二月，建义决口工成，赐督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银币。
八年九月，荣嗣得罪。初，荣嗣以骆马湖运道溃淤，创挽河之议，起宿迁至徐州，别凿新河，分黄水注其中，以通漕运。计工二百馀里，金钱五十万。而其所凿邳州上下，悉黄河故道，浚尺许，其下皆沙，挑掘成河，经宿沙落，河坎复平，如此者数四。迨引黄水入其中，波流迅急，沙随水下，率淤浅不可以舟。及漕舟将至，而骆马湖之溃决适平，舟人皆不愿由新河。荣嗣自往督之，欲绳以军法。有入者辄苦淤浅，弁卒多怨。巡漕御史倪於义劾其欺罔误工，南京给事中曹景参复重劾之，逮问，坐赃，父子皆瘐死。郎中胡琏分工独多，亦坐死。其后骆马湖复溃，舟行新河，无不思荣嗣功者。
当是时，河患日棘，而帝又重法惩下，李若星以修浚不力罢官，硃光祚以建义苏嘴决口逮系。六年之中，河臣三易。给事中王家彦尝切言之。光祚亦竟瘐死。而继荣嗣者周鼎修泇利运颇有功，在事五年，竟坐漕舟阻浅，用故决河防例，遣戍烟瘴。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各疏请宽之，乃获宥免云。
十五年，流贼围开封久，守臣谋引黄河灌之。贼侦知，预为备。乘水涨，令其党决河灌城，民尽溺死。总河侍郎张国维方奉诏赴京，奏其状。山东巡抚王永吉上言：“黄河决汴城，直走睢阳，东南注鄢陵、鹿邑，必害亳、泗，侵祖陵，而邳、宿运河必涸。”帝令总河侍郎黄希宪急往捍御，希宪以身居济宁不能摄汴，请特设重臣督理。命工部侍郎周堪赓督修汴河。
十六年二月，堪赓上言：“河之决口有二：一为硃家寨，宽二里许，居河下流，水面宽而水势缓；一为马家口，宽一里馀，居河上流，水势猛，深不可测。两口相距三十里，至汴堤之外，合为一流，决一大口，直冲汴城以去，而河之故道则涸为平地。怒涛千顷，工力难施，必广浚旧渠，远数十里，分杀水势，然后畚锸可措。顾筑浚并举，需夫三万。河北荒旱，兗西兵火，竭力以供，不满万人，河南万死一生之馀，未审能应募否，是不得不借助於抚镇之兵也。”乃敕兵部速议，而令堪赓刻期兴工。至四月，塞硃家寨决口，修堤四百馀丈。马家口工未就，忽冲东岸，诸埽尽漂没。堪赓请停东岸而专事西岸。帝令急竣工。
六月，堪赓言：“马家决口百二十丈，两岸皆筑四之一，中间七十馀丈，水深流急，难以措手，请俟霜降后兴工。”已而言：“五月伏水大涨，故道沙滩壅涸者刷深数丈，河之大势尽归於东，运道已通，陵园无恙。”疏甫上，决口再溃。帝趣鸠工，未奏绩而明亡。
志第六十一河渠三
○运河上
明成祖肇建北京，转漕东南，水陆兼輓，仍元人之旧，参用海运。逮会通河开，海陆并罢。南极江口，北尽大通桥，运道三千馀里。综而计之，自昌平神山泉诸水，汇贯都城，过大通桥，东至通州入白河者，大通河也。自通州而南至直沽，会卫河入海者，白河也。自临清而北至直沽，会白河入海者，卫水也。自汶上南旺分流，北经张秋至临清，会卫河，南至济宁天井闸，会泗、沂、洸三水者，汶水也。自济宁出天井闸，与汶合流，至南阳新河，旧出茶城，会黄、沁后出夏镇，循泇河达直口，入黄济运者，泗、洸、小沂河及山东泉水也。自茶城秦沟，南历徐、吕，浮邳，会大沂河，至清河县入淮后，从直河口抵清口者，黄河水也。自清口而南，至於瓜、仪者，淮、扬诸湖水也。过此则长江矣。长江以南，则松、苏、浙江运道也。淮、扬至京口以南之河，通谓之转运河，而由瓜、仪达淮安者，又谓之南河，由黄河达丰、沛曰中河，由山东达天津曰北河，由天津达张家湾曰通济河，而总名曰漕河。其逾京师而东若蓟州，西北若昌平，皆尝有河通，转漕饷军。
漕河之别，曰白漕、卫漕、闸漕、河漕、湖漕、江漕、浙漕。因地为号，流俗所通称也。淮、扬诸水所汇，徐、兗河流所经，疏瀹决排，繄人力是系，故闸、河、湖於转漕尤急。
闸漕者，即会通河。北至临清，与卫河会，南出茶城口，与黄河会，资汶、洸、泗水及山东泉源。泉源之派有五。曰分水者，汶水派也，泉百四十有五。曰天井者，济河派也，泉九十有六。曰鲁桥者，泗河派也，泉二十有六。曰沙河者，新河派也，二十有八。曰邳州者，沂河派也，泉十有六。诸泉所汇为湖，其浸十五。曰南旺，东西二湖，周百五十馀里，运渠贯其中。北曰马蹋，南曰蜀山，曰苏鲁。又南曰马场。又南八十里曰南阳，亦曰独山，周七十馀里。北曰安山，周八十三里。南曰大、小昭阳，大湖袤十八里，小湖杀三之一，周八十馀里。由马家桥留城闸而南，曰武家，曰赤山，曰微山，曰吕孟，曰张王诸湖，连注八十里，引薛河由地浜沟出，会於赤龙潭，并趋茶城。自南旺分水北至临清三百里，地降九十尺，为闸二十有一；南至镇口三百九十里，地降百十有六尺，为闸二十有七。其外又有积水、进水、减水、平水之闸五十有四。又为坝二十有一，所以防运河之泄，佐闸以为用者也。其后开泇河二百六十里，为闸十一，为坝四。运舟不出镇口，与黄河会於董沟。
河漕者，即黄河。上自茶城与会通河会，下至清口与淮河会。其道有三：中路曰浊河，北路曰银河，南路曰符离河。南近陵，北近运，惟中路去陵远，於运有济。而河流迁徙不常，上流苦溃，下流苦淤。运道自南而北，出清口，经桃、宿，溯二洪，入镇口，陟险五百馀里。自二洪以上，河与漕不相涉也。至泇河开而二洪避，董沟辟而直河淤，运道之资河者二百六十里而止，董沟以上，河又无病於漕也。
湖漕者，由淮安抵扬州三百七十里，地卑积水，汇为泽国。山阳则有管家、射阳，宝应则有白马、汜光，高邮则有石臼、甓社、武安、邵伯诸湖。仰受上流之水，傍接诸山之源，巨浸连亘，由五塘以达於江。虑淮东侵，筑高家堰拒其上流，筑王简、张福二堤御其分泄。虑淮侵而漕败，开淮安永济、高邮康济、宝应弘济三月河以通舟。至扬子湾东，则分二道：一由仪真通江口，以漕上江湖广、江西；一由瓜洲通西江嘴，以漕下江两浙。本非河道，专取诸湖之水，故曰湖漕。
太祖初起大军北伐，开蹋场口、耐牢坡，通漕以饷梁、晋。定都应天，运道通利：江西、湖广之粟，浮江直下；浙西、吴中之粟，由转运河；凤、泗之粟，浮淮；河南、山东之粟，下黄河。尝由开封运粟，溯河达渭，以给陕西，用海运以饷辽卒，有事於西北者甚鲜。淮、扬之间，筑高邮湖堤二十馀里，开宝应倚湖直渠四十里，筑堤护之。他小修筑，无大利害也。
永乐四年，成祖命平江伯陈瑄督转运，一仍由海，而一则浮淮入河，至阳武，陆挽百七十里抵卫辉，浮於卫，所谓陆海兼运者也。海运多险，陆挽亦艰。九年二月乃用济宁州同知潘叔正言，命尚书宋礼、侍郎金纯、都督周长浚会通河。会通河者，元转漕故道也，元末已废不用。洪武二十四年，河决原武，漫安山湖而东，会通尽淤，至是复之。由济宁至临清三百八十五里，引汶、泗入其中。泗出泗水陪尾山，四泉并发，西流至兗州城东，合於沂。汶河有二：小汶河出新泰宫山下；大汶河出泰安仙台岭南，又出莱芜原山阴及寨子村。俱至静丰镇合流，饶徂徠山阳，而小汶河来会。经宁阳北堈城，西南流百馀里，至汶上。其支流曰洸河，出堈城西南，流三十里，会宁阳诸泉，经济宁东，与泗合。元初，毕辅国始於堈城左汶水阴作斗门，导汶入洸。至元中，又分流北入济，由寿张至临清，通漳、御入海。
南旺者，南北之脊也。自左而南，距济宁九十里，合沂、泗以济；自右而北，距临清三百馀里，无他水，独赖汶。礼用汶上老人白英策，筑坝东平之戴村，遏汶使无入洸，而尽出南旺，南北置闸三十八。又开新河，自汶上袁家口左徙五十里至寿张之沙湾，以接旧河。其秋，礼还，又请疏东平东境沙河淤沙三里，筑堰障之，合马常泊之流入会通济运。又於汶上、东平、济宁、沛县并湖地设水柜、陡门。在漕河西者曰水柜，东者曰陡门，柜以蓄泉，门以泄涨。纯复浚贾鲁河故道，引黄水至塌场口会汶，经徐、吕入淮。运道以定。
其后宣宗时，尝发军民十二万，浚济宁以北自长沟至枣林闸百二十里，置闸诸浅，浚湖塘以引山泉。正统时，浚滕、沛淤河，又於济宁、胜三州县疏泉置闸，易金口堰土坝为石，蓄水以资会通。景帝时，增置济宁抵临清减水闸。天顺时，拓临清旧闸，移五十丈。宪宗时，筑汶上、济宁决堤百馀里，增南旺上、下及安山三闸。命工部侍郎杜谦勘治汶、泗、洸诸泉。武宗时，增置汶上袁家口及寺前铺石闸，浚南旺淤八十里，而闸漕之治详。惟河决则挟漕而去，为大害。
陈瑄之督运也，於湖广、江西造平底浅般三千艘。二省及江、浙之米皆由江以入，至淮安新城，盘五坝过淮。仁、义二坝在东门外东北，礼、智、信三坝在西门外西北，皆自城南引水抵坝口，其外即淮河。清江浦者，直淮城西，永乐二年尝一修闸。其口淤塞，则漕船由二坝，官民商船由三坝入淮，輓输甚劳苦。瑄访之故老，言：“淮城西管家湖西北，距淮河鸭陈口仅二十里，与清江口相值，宜凿为河，引湖水通漕，宋乔维岳所开沙河旧渠也。”瑄乃凿清江浦，导水由管家湖入鸭陈口达淮。十三年五月，工成。缘西湖筑堤亘十里以引舟。淮口置四闸，曰移风、清江、福兴、新庄。以时启闭，严其禁。并浚仪真、瓜洲河以通江湖，凿吕梁、百步二洪石以平水势，开泰州白塔河以达大江。筑高邮河堤，堤内凿渠四十里。久之，复置吕梁石闸，并筑宝应、汜光、白马诸湖堤，堤皆置涵洞，互相灌注。是时淮上、徐州、济宁、临清、德州皆建仓转输。滨河置舍五百六十八所，舍置浅夫。水涩舟胶，俾之导行。增置浅船三千馀艘。设徐、沛、沽头、金沟、山东、谷亭、鲁桥等闸。自是漕运直达通州，而海陆运俱废。
宣德六年用御史白圭言，浚金龙口，引河水达徐州以便漕。末年至英宗初再浚，并及凤池口水，徐、吕二洪，西小河，而会通安流，自永、宣至正统间凡数十载。至十三年，河决荥阳，东冲张秋，溃沙湾，运道始坏。命廷臣塞之。
景泰三年五月，堤工乃完。未匝月而北马头复决，掣漕流以东。清河训导唐学成言：“河决沙湾，临清告涸。地卑堤薄，黄河势急，故甫完堤而复决也。临清至沙湾十二闸，有水之日，其势甚陡。请於临清以南浚月河通舟，直抵沙湾，不复由闸，则水势缓而漕运通矣。”帝即命学成与山东巡抚洪英相度。工部侍郎赵荣则言：“沙湾抵张秋岸薄，故数决。请於决处置减水石坝，使东入盐河，则运河之水可蓄。然后厚堤岸，填决口，庶无后患。”
明年四月，决口方毕工，而减水坝及南分水墩先败，已，复尽冲墩岸桥梁，决北马头，掣漕水入盐河，运舟悉阻。教谕彭埙请立闸以制水势，开河以分上流。御史练纲上其策。诏下尚书石璞。璞乃凿河三里，以避决口，上下与运河通。是岁，漕舟不前者，命漕运总兵官徐恭姑输东昌、济宁仓。及明年，运河胶浅如故。恭与都御史王竑言：“漕舟蚁聚临清上下，请亟敕都御史徐有贞筑塞沙湾决河。”有贞不可，而献上三策，请置水闸，开分水河，挑运河。
六年三月，诏群臣集议方略。工部尚书江渊等请用官军五万以浚运。有贞恐役军费重，请复陈瑄旧制，置捞浅夫，用沿河州县民，免其役。
五月，浚漕工竣。七月，沙湾决口工亦竣，会通复安。都御史陈泰一浚淮、扬漕河，筑口置坝。黄河尝灌新庄闸至清江浦三十馀里，淤浅阻漕，稍稍浚治，即复其旧。英宗初，命官督漕，分济宁南北为二，侍郎郑辰治其南，副都御史贾谅治其北。
成化七年，又因廷议，分漕河沛县以南、德州以北及山东为三道，各委曹郎及监司专理，且请简风力大臣总理其事。始命侍郎王恕为总河。二十一年敕工部侍郎杜谦浚运道，自通州至淮、扬，会山东、河南抚按相度经理。
弘治二年，河复决张秋，冲会通河，命户部侍郎白昂相治。昂奏金龙口决口已淤，河并为一大支，由祥符合沁下徐州而去。其间河道浅隘，宜於所经七县，筑堤岸以卫张秋。下工部议，从其请。昂又以漕船经高邮甓社湖多溺，请於堤东开衤复河西四十里以通舟。越四年，河复决数道入运河，坏张秋东堤，夺汶水入海，漕流绝。时工部侍郎陈政总理河道，集夫十五万，治未效而卒。
六年春，副都御史刘大夏奉敕往治决河。夏半，漕舟鳞集，乃先自决口西岸凿月河以通漕。经营二年，张秋决口就塞，复筑黄陵冈上流。於是河复南下，运道无阻。乃改张秋曰安平镇，建庙赐额曰显惠神祠，命大学士王鏊纪其事，勒於石。而白昂所开高邮衤复河亦成，赐名康济，其西岸以石甃之。又甃高邮堤，自杭家闸至张家镇凡三十里。高邮堤者，洪武时所筑也。陈瑄因旧增筑，延及宝应，土人相沿谓之老堤。正统三年易土以石。成化时，遣官筑重堤於高邮、邵伯、宝应、白马四湖老堤之东。而王恕为总河，修淮安以南诸决堤，且浚淮、扬漕河。重湖需民盗决溉田之罚，造闸达以储湖水。及大夏塞张秋，而昂又开康济，漕河上下无大患者二十馀年。
十六年，巡抚徐源言：“济宁地最高，必引上源洸水以济，其口在堈城石濑之上。元时治闸作堰，使水尽入南旺，分济南北运。成化间，易土以石。夫土堰之利，水小则遏以入洮，水大则闭闸以防沙壅，听其漫堰西流。自石堰成，水遂横溢，石堰既坏，民田亦冲。洸河沙塞，虽有闸门，压不能启。乞毁石复土，疏洸口壅塞以至济宁，而筑堈城迤西春城口子决岸。”帝命侍郎李遂往勘，言：“堈城石堰，一可遏淤沙，不为南旺湖之害，一可杀水势，不虑戴村坝之冲，不宜毁。近堰积沙，宜浚。堈城稍东有元时旧闸，引洸水入济宁，下接徐、吕漕河。东平州戴村，则汶水入海故道也。自永乐初，横筑一坝，遏汶入南旺湖，漕河始通。今自分水龙王庙至天井闸九十里，水高三丈有奇，若洸河更浚而深，则汶流尽向济宁而南，临清河道必涸。洸口不可浚。堈城口至柳泉九十里，无关运道，可弗事。柳泉至济宁，汶、泗诸水会流处，宜疏者二十馀里。春城口，外障汶水，内防民田，堤卑岸薄，宜与戴村坝并修筑。”从之。正德四年十月，河决沛县飞云桥，入运。寻塞。
世宗之初，河数坏漕。嘉靖六年，光禄少卿黄绾论泉源之利，言：“漕河泉源皆发山东南旺、马场、樊村、安山诸湖。泉水所钟，亟宜修浚，且引他泉并蓄，则漕不竭。南旺、马场堤外孙村地洼，若潴为湖，改作漕道，尤可免济宁高原浅涩之苦。”帝命总河侍郎章拯议。而拯以黄水入运，运船阻沛上，方为御史吴仲所劾。拯言：“河塞难遽通，惟金沟口迤北新冲一渠可令运船由此入昭阳湖，出沙河板桥。其先阻浅者，则西历鸡冢寺，出庙道北口通行。下部并议，未决。给事中张嵩言：“昭阳湖地庳，河势高，引河灌湖，必致弥漫，使湖道复阻。请罢拯，别推大臣。”部议如嵩言。拯再疏自劾，乞罢，不许。卒引运船道湖中。其冬，诏拯还京别叙，而命择大臣督理。
诸大臣多进治河议。詹事霍韬谓：“前议役山东、河南丁夫数万，疏浚淤沙以通运。然沙随水下，旋浚旋淤。今运舟由昭阳湖入鸡鸣台至沙河，迂回不过百里。若沿湖筑堤，浚为小河，河口为闸，以待蓄泄，水溢可避风涛，水涸易为疏浚。三月而土堤成，一年而石堤成，用力少，取效速。黄河愈溢，运道愈利，较之役丁夫以浚淤土，劳逸大不侔也。”尚书李承勋谓：“於昭阳湖左别开一河，引诸泉为运道，自留城沙河为尤便。”与都御史胡世宁议合。七年正月，总河都御史盛应期奏如世宁策，请於昭阳湖东凿新河，自汪家口南出留城口，长百四十里，刻期六月毕工。工未半，而应期罢去，役遂已。其后三十年，硃衡始循其遗迹，浚而成之。是年冬，总河侍郎潘希会加筑济、沛间东西两堤，以拒黄河。
十九年七月，河决野鸡冈，二洪涸。督理河漕侍郎王以旂请浚山东诸泉以济运，且筑长堤聚水，如闸河制。遂清旧泉百七十八，开新泉三十一。以旂复奏四事。一请以诸泉分隶守土官兼理其事，毋使堙塞。一请於境山镇、徐、吕二洪之下，各建石闸，蓄水数尺以行舟，旁留月河以泄暴汛；筑四木闸於武家沟、小河口、石城、匙头湾，而置方船於沙坊等浅，以备捞浚。一言漕河两岸有南旺、安山、马场、昭阳四湖，名为水柜，所以汇诸泉济漕河也。豪强侵占，蓄水不多，而昭阳一湖淤成高地，大非国初设湖初意。宜委官清理，添置闸、坝、斗门，培筑堤岸，多开沟渠，浚深河底，以复四柜。一言黄河南徙，旧闸口俱塞，惟孙继一口独存。导河出徐州小浮桥，下徐、吕二洪，此济运之大者。请於孙继口多开一沟，及时疏瀹，庶二洪得济。帝可其奏，而以管泉专责之部曹。
徐、吕二洪者，河漕咽喉也。自陈瑄凿石疏渠，正统初，复浚洪西小河。漕运参将汤节又以洪迅败舟，於上流筑堰，逼水归月河，河南建闸以蓄水势。成化四年，管河主簿郭升以大石筑两堤，锢以铁锭，凿外洪败船恶石三百，而平筑里洪堤岸，又甃石岸东西四百馀丈。十六年增甃吕梁洪石堤、石坝二百馀丈，以资牵挽。及是建闸，行者益便之。
四十四年七月，河大决沛县，漫昭阳湖，由沙河至二洪，浩渺无际，运道淤塞百馀里。督理河漕尚书硃衡循览盛应期所凿新河遗迹，请开南阳、留城上下。总河都御史潘季驯不可。衡言：“是河直秦沟，有所束隘。伏秋黄水盛，昭阳受之，不为壑也。”乃决计开浚，身自督工，重惩不用命者。给事中郑钦劾衡故兴难成之役，虐民幸功。朝廷遣官勘新旧河孰利。给事中何起鸣勘河还，言：“旧河难复有五，而新河之难成者亦有三。顾新河多旧堤高阜，黄水难侵，睃而通之，运道必利。所谓三难者，一以夏村迤北地高，恐难接水，然地势高低，大约不过二丈，一视水平加深，何患水浅。一以三河口积沙深厚，水势湍急，不无阻塞，然建坝拦截，岁一挑浚之，何患沙壅。一以马家桥筑堤，微山取土不便，又恐水口投埽，势必不坚，然使委任得人，培筑高厚，无必不可措力之理。开新河便。”下廷臣集议，言新河已有次第，不可止。况百中桥至留城白洋浅，出境山，疏浚补筑，亦不全弃旧河，群议俱合。帝意乃决。时大雨，黄水骤发，决马家桥，坏新筑东西二堤。给事中王元春、御史黄襄皆劾衡欺误，起鸣亦变其说。会衡奏新旧河百九十四里俱已流通，漕船至南阳出口无滞。诏留衡与季驯详议开上源、筑长堤之便。
隆庆元年正月，衡请罢上源议，惟开广秦沟，坚筑南长堤。五月，新河成，西去旧河三十里。旧河自留城以北，经谢沟、下沽头、中沽头、金沟四闸，过沛县，又经庙道口、湖陵城、孟阳、八里湾、谷亭五闸，而至南阳闸。新河自留城而北，经马家桥、西柳庄、满家桥、夏镇、杨庄、硃梅、利建七闸，至南阳闸合旧河，凡百四十里有奇。又引鲇鱼诸泉及薛河、沙河注其中，而设坝於三河之口，筑马家桥堤，遏黄水入秦沟，运道乃大通。未几，鲇鱼口山水暴决，没漕艘。帝从衡请，自东邵开支河三道以分泄之，又开支河於东邵之上，历东沧桥以达百中桥，凿豸里沟诸处为渠，使水入赤山湖，由之以归吕孟湖，下境山而去。
衡召入为工部尚书，都御史翁大立代，上言：“漕河资泉水，而地形东高西下，非湖潴之则涸，故漕河以东皆有柜；非湖泄之则溃，故漕河以西皆有壑。黄流逆奔，则以昭阳湖为散漫之区；山水东突，则以南阳湖为潴蓄之地。宜由回回墓开通以达鸿沟，令谷亭、湖陵之水皆入昭阳湖，即浚鸿沟废渠，引昭阳湖水沿渠东出留城。其湖地退滩者，又可得田数千顷。”大立又言：“薛河水湍悍，今尽注赤山湖，入微山湖以达吕孟湖，此尚书衡成绩也。惟吕孟之南为邵家岭，黄流填淤，地形高仰，秋水时至，翕纳者小，浸淫平野，夺民田之利。微山之西为马家桥，比草创一堤以开运道，土未及坚而时为积水所撼，以寻丈之址，二流夹攻，虑有倾圮。宜凿邵家岭，令水由地浜沟出境山以入漕河，则湖地可耕，河堤不溃。更於马家桥建减水闸，视旱涝为启闭，乃通漕长策也。”并从之。
三年七月，河决沛县，茶城淤塞，粮艘二千馀皆阻邳州。大立言：“臣按行徐州，循子房山，过梁山，至境山，入地浜沟，直趋马家桥，上下八十里间，可别开一河以漕。”即所谓泇河也。请集廷议，上即命行之。未几，黄落漕通，前议遂寝。时淮水涨溢，自清河至淮安城西淤三十馀里，决礼、信二坝出海，宝应湖堤多坏。山东诸水从直河出邳州。大立以闻。其冬，自淮安板闸至清河西湖嘴开浚垂成，而里口复塞。督漕侍郎赵孔昭言：“清江一带黄河五十里，宜筑堰以防河溢；淮河高良涧一带七十馀里，宜筑堰以防淮涨。”帝令亟浚里口，与大立商筑堰事宜，并议海口筑塞及宝应月河二事。
四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工竣。大立方奏闻，诸水忽骤溢，决仲家浅，与黄河合，茶城复淤。未几，自泰山庙至七里沟，淮河淤十馀里，其水从硃家沟旁出，至清河县河南镇以合於黄河。大立请开新庄闸以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自鱼沟下草湾，保南北运道。帝命新任总河都御史潘季驯区画。顷之，河大决邳州，睢宁运道淤百馀里。大立请开泇口、萧县二河。会季驯筑塞诸决，河水归正流，漕船获通。大立、孔昭皆以迟误漕粮削籍，开泇之议不果行。
五年四月，河复决邳州王家口，自双沟而下，南北决口十馀，损漕船运军千计，没粮四十万馀石，而匙头湾以下八十里皆淤。於是胶、莱海运之议纷起。会季驯奏邳河功成。帝以漕运迟，遣给事中雒遵往勘。总漕陈炌及季驯俱罢官。
六年，从雒遵言，修筑茶城至清河长堤五百五十里，三里一铺，铺十夫，设官画地而守。又接筑茶城至开封两岸堤。从硃衡言，缮丰、沛大黄堤。衡又言：“漕河起仪真讫张家湾二千八百馀里，河势凡四段，各不相同。清江浦以南，临清以北，皆远隔黄河，不烦用力。惟茶城至临清，则闸诸泉为河，与黄相近。清河至茶城，则黄河即运河也。茶城以北，当防黄河之决而入；茶城以南，当防黄河之决而出。防黄河即所以保运河，故自茶城至邳、迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞缺口，盖以防黄水之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城秦沟口至丰、沛、曹、单，创筑增筑以接缕水旧堤，盖以防黄水之入，则正河必决，往年曹、沛之患是也。二处告竣，故河深水束，无旁决中溃之虞。氵市县之窑子头至秦沟口，应筑堤七十里，接古北堤。徐、邳之间，堤逼河身，宜於新堤外别筑遥堤。”诏如其议，以命总河侍郎万恭。
万历元年，恭言：“祖宗时造浅船近万，非不知满载省舟之便，以闸河流浅，故不敢过四百石也。其制底平、仓浅，底平则入水不深，仓浅则负载不满。又限浅船用水不得过六拏，伸大指与食指相距为一拏，六拏不过三尺许，明受水浅也。今不务遵行，而竞雇船搭运。雇船有三害，搭运有五害，皆病河道。请悉遵旧制。”从之。
恭又请复淮南平水诸闸，上言：“高、宝诸湖周遭数百里，西受天长七十馀河，徒恃百里长堤，若障之使无疏泄，是溃堤也。以故祖宗之法，偏置数十小闸於长堤之间，又为令曰：“但许深湖，不许高堤”，故设浅船浅夫取湖之淤以厚堤。夫闸多则水易落而堤坚，浚勤则湖愈深而堤厚，意至深远也。比年畏修闸之劳，每坏一闸即堙一闸，岁月既久，诸闸尽堙，而长堤为死障矣。畏浚浅之苦，每湖浅一尺则加堤一尺，岁月既久，湖水捧起，而高、宝为盂城矣。且湖漕勿堤与无漕同，湖堤勿闸与无堤同。陈瑄大置减水闸数十，湖水溢则泻以利堤，水落则闭以利漕，最为完计。积久而减水故迹不可复得，湖且沉堤。请复建平水闸，闸欲密，密则水疏，无涨懑患；闸欲狭，狭则势缓，无啮决虞。”尚书衡覆奏如其请。於是仪直、江都、高邮、宝应、山阳设闸二十三，浚浅凡五十一处，各设捞浅船二，浅夫十。
恭又言：“清江浦河六十里，陈瑄浚至天妃祠东，注於黄河。运艘出天妃口入黄穿清特半饷耳。后黄涨，逆注入口，清遂多淤。议者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿与黄值。开新河以接淮河，曰“接清流勿接浊流，可不淤也”。不知黄河非安流之水，伏秋盛发，则西拥淮流数十里，并灌新开河。彼天妃口，一黄水之淤耳。今淮、黄会於新闸开河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黄交会之浅。岁役丁夫千百，浚治方毕，水过复合。又使运艘迂八里浅滞而始达於清河，孰与出天妃口者之便且利？请建天妃闸，俾漕船直达清河。运尽而黄水盛发，则闭闸绝黄，水落则启天妃闸以利商船。新河口勿浚可也。”。乃建天妃庙口石闸。
恭又言：“由黄河入闸河为茶城，出临清板闸七百馀里，旧有七十二浅。自创开新河，汶流平衍，地势高下不甚相悬，七十浅悉为通渠。惟茶、黄交会间，运盛之时，正值黄河水落之候，高下不相接，是以有茶城黄家闸之浅，连年患之。祖宗时，尝建境山闸，自新河水平，闸没泥淖且丈馀。其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因故基累石为之，可留黄家闸外二十里之上流，接茶城内十里之下流，且挟二十里水势，冲十里之狭流，蔑不胜矣。”乃复境山旧闸。
恭建三议，尚书衡覆行之，为运道永利。而是时，茶城岁淤，恭方报正河安流，回空船速出。给事中硃南雍以回空多阻，劾恭隐蔽溺职。帝切责恭，罢去。
三年二月，总河都御史傅希挚请开泇河以避黄险，不果行。希挚又请浚梁山以下，与茶城互用，淤旧则通新而挑旧，淤新则通旧而挑新，筑坝断流，常通其一以备不虞。诏从所请。工未成，而河决崔镇，淮决高家堰，高邮湖决清水潭、丁志等口，淮城几没。知府邵元哲开菊花潭，以泄淮安、高、宝三城之水，东方刍米少通。
明年春，督漕侍郎张翀以筑清水潭堤工钜不克就，欲令粮船暂由圈子田以行。巡按御史陈功不可。河漕侍郎吴桂芳言：“高邮湖老堤，陈瑄所建。后白昂开月河，距湖数里，中为土堤，东为石堤，首尾建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，民田数万亩，所谓圈子田也。河湖相去太远，老堤缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中堤溃坏，东堤独受数百里湖涛，清水潭之决，势所必至。宜遵弘治间王恕之议，就老堤为月河，但修东西二堤，费省而工易举。”帝命如所请行之。是年，元哲修筑淮安长堤，又疏盐城石达口下流入海。
五年二月，高邮石堤将成，桂芳请傍老堤十数丈开挑月河。因言：“白昂康济月河去老堤太远，人心狃月河之安，忘老堤外捍之力。年复一年，不加省视，老、中二堤俱坏，而东堤不能独存。今河与老堤近，则易於管摄。”御史陈世宝论江北河道，请於宝应湖堤补石堤以固其外，而於石堤之东复筑一堤，以通月河，漕舟行其中。并议行。其冬，高邮湖土石二堤、新开漕河南北二闸及老堤加石、增护堤木城各工竣事。桂芳又与元哲增筑山阳长堤，自板闸至黄浦亘七十里，闭通济闸不用，而建兴文闸，且修新庄诸闸，筑清江浦南堤，创板闸漕堤，南北与新旧堤接。板闸即故移风闸也。堤、闸并修，淮、扬漕道渐固。
六年，总理河漕都御史潘季驯筑高家堰，及清江浦柳浦湾以东加筑礼、智二坝，修宝应、黄清等八浅堤，高、宝减水闸四，又拆新庄闸而改建通济闸於甘罗城南。明初运粮，自瓜、仪至淮安谓之里河，自五坝转黄河谓之外河，不相通。及开清江浦，设闸天妃口，春夏之交重运毕，即闭以拒黄。岁久法驰，闸不封而黄水入。嘉靖末，塞天妃口，於浦南三里沟开新河，设通济闸以就淮水。已又从万恭言，复天妃闸。未几又从御史刘光国言，增筑通济，自仲夏至季秋，隔日一放回空漕船。既而启闭不时，淤塞日甚，开硃家口引清水灌之，仅通舟。至是改建甘罗城南，专向淮水，使河不得直射。
十年，督漕尚书凌云翼以运船由清江浦出口多艰险，乃自浦西开永济河四十五里，起城南窑湾，历龙江闸，至杨家涧出武家墩，折而东，合通济闸出口。更置闸三，以备清江浦之险。是时漕河就治，淮、扬免水灾者十馀年。初，黄河之害漕也，自金龙口而东，则会通以淤。迨塞沙湾、张秋闸，漕以安，则徐、氵市间数被其害。至崔镇高堰之决，黄、淮交涨而害漕，乃在淮、扬间，湖溃则败漕。季驯以高堰障洪泽，俾堰东四湖勿受淮侵，漕始无败。而河漕诸臣惧湖害，日夜常惴惴。
十三年从总漕都御史李世达议，开宝应月河。宝应汜光湖，诸湖中最湍险者也，广百二十馀里。槐角楼当其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤钩湾翼其北。西风鼓浪，往往覆舟。陈瑄筑堤湖东，蓄水为运道。上有所受，下无所宣，遂决为八浅，汇为六潭，兴、盐诸场皆没。而淮水又从周家桥漫入，溺人民，害漕运。武宗末年，郎中杨最请开月河，部覆不从。嘉靖中，工部郎中陈毓贤、户部员外范韶、御史闻人诠、运粮千户李显皆以为言，议行未果。至是，工部郎中许应逵建议，世达用其言以奏，乃决行之。浚河千七百馀丈，置石闸三，减水闸二，筑堤九千馀丈，石堤三之一，子堤五千馀丈。工成，赐名弘济。寻改石闸为平水闸。应逵又筑高邮护城堤。其后，弘济南北闸，夏秋淮涨，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陈荐於南北各开月河以杀河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎杨一魁请修高家堰以保上流，砌范家口以制旁决，疏草湾以杀河势，修礼坝以保新城。诏如其议。一魁又改建古洪闸。先是，汶、泗之水由茶城会黄河。隆庆间，浊流倒灌，稽阻运船，郎中陈瑛移黄河口於茶城东八里，建古洪、内华二闸，漕河从古洪出口。后黄水发，淤益甚。一魁既改古洪，帝又从给事中常居敬言，令增筑镇口闸於古洪外，距河仅八十丈，吐纳益易，粮运利之。
工部尚书石星议季驯、居敬条上善后事宜，请分地责成：接筑塔山缕堤，清江浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，当在淮、扬兴举；察复南旺、马踏、蜀山、马场四湖，建筑坎河滚水坝，加建通济、永通二闸，察复安山湖地，当在山东兴举。帝从其议。未几，众工皆成。
十九年，季驯言：“宿迁以南，地形西ＡＨ，请开缕堤放水。沙随水入，地随沙高，庶水患消而费可省。”又请易高家堰土堤为石，筑满家闸西拦河坝，使汶、泗尽归新河。设减水闸於李家口，以泄沛县积水。从之。十月，淮湖大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、硃家墩、清水潭皆决。郎中黄日谨筑塞仅竣，而山阳堤亦决。
二十一年五月，恒雨。漕河泛溢，溃济宁及淮河诸堤岸。总河尚书舒应龙议：筑堽城坝，遏汶水之南，开马踏湖月河口，导汶水之北。开通济闸，放月河土坝以杀汹涌之势。从其奏。数年之间，会通上下无阻，而黄、淮并涨，高堰及高邮堤数决害漕。应龙卒罢去。建议者纷纷，未有所定。
杨一魁代应龙为总河尚书，力主分黄导淮。治逾年，工将竣，又请决湖水以疏漕渠，言：“高、宝诸湖本沃壤也，自淮、黄逆壅，遂成昏垫。今入江入海之路即浚，宜开治泾河、子婴沟、金湾河诸闸及瓜、仪二闸，大放湖水，就湖疏渠，与高、宝月河相接。既避运道风波之险，而水涸成田，给民耕种，渐议起科，可充河费。”命如议行。时下流既疏，淮水渐帖，而河方决黄堌口。督漕都御史褚鈇恐泄太多，徐、邳淤阻，力请塞之。一魁持不可，浚两河口至小浮桥故道以通漕。然河大势南徙，二洪漕屡涸，复大挑黄堌下之李吉口，挽黄以济之，非久辄淤。
一魁入掌部事。二十六年，刘东星继之，守一魁旧议，李吉口淤益高。岁冬月，即其地开一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃复开赵家圈以接黄，开泇河以济运。赵家圈旋淤，泇河未复，而东星卒。於是凤阳巡抚都御史李三才建议自镇口闸至磨儿庄仿闸河制，三十里一闸，凡建六闸於河中，节宣汶、济之水，聊以通漕。漕舟至京，不复能如期矣。东星在事，开邵伯月河，长十八里，阔十八丈有奇，以避湖险。又开界首月河，长千八百馀丈。各建金门石闸二，漕舟利焉。
三十二年，总河侍郎李化龙始大开泇河，自直河至李家港二百六十馀里，尽避黄河之险。化龙忧去，总河侍郎曹时聘终其事，疏叙泇河之功，言：“舒应龙创开韩家庄以泄湖水，而路始通。刘东星大开良城、侯家庄以试行运，而路渐广。李化龙上开李家港，凿都水石，下开直河口，挑田家庄，殚力经营，行运过半，而路始开，故臣得接踵告竣。”因条上善后六事，运道由此大通。其后每年三月开泇河坝，由直河口进，九月开召公坝入黄河，粮艘及官民船悉以为准。
四十四年，巡漕御史硃堦请修复泉湖，言：“宋礼筑坝戴村，夺二汶入海之路，灌以成河，复导洙、泗、洸、沂诸水以佐之。汶虽率众流出全力以奉漕，然行远而竭，已自难支。至南旺，又分其四以南迎淮，六以北赴卫，力分益薄。况此水夏秋则涨，冬春而涸，无雨即夏秋亦涸。礼逆虑其不可恃，乃於沿河昭阳、南旺、马踏、蜀山、安山诸湖设立斗门，名曰水柜。漕河水涨，则潴其溢出者於湖，水消则决而注之漕。积泄有法，盗决有罪，故旱涝恃以无恐。及岁久禁驰，湖浅可耕，多为势豪所占，昭阳一湖已作籓田。比来山东半年不雨，泉欲断流，按图而索水柜，茫无知者。乞敕河臣清核，亟筑堤坝斗门以广蓄储。”帝从其请。
方议浚泉湖，而河决徐州狼矢沟，由蛤鳗诸湖入泇河，出直口，运船迎溜艰险。督漕侍郎陈荐开武河等口，泄水平溜。后二年，决口长淤沙，河始复故道。总河侍郎王佐加筑月坝以障之。至泰昌元年冬，佐言：“诸湖水柜已复，安山湖且复五十五里，诚可利漕。请以水柜之废兴为河官殿最。”从之。
天启元年，淮、黄涨溢，决里河王公祠，淮安知府宋统殷、山阳知县练国事力塞之。三年秋，外河复决数口，寻塞。是年冬，浚永济新河。自凌云翼开是河，未几而闭。总河都御史刘士忠尝开坝以济运，已复塞。而淮安正河三十年未浚。故议先挑新河，通运船回空，乃浚正河，自许家闸至惠济祠长千四百馀丈，复建通济月河小闸，运船皆由正河，新河复闭。时王家集、磨儿庄湍溜日甚，漕储参政硃国盛谋改浚一河以为漕计，令同知宋士中自泇口迤东抵宿迁陈沟口，复氵斥骆马湖，上至马颊河，往回相度。乃议开马家洲，且疏马颊河口淤塞，上接氵加流，下避刘口之险，又疏三汊河流沙十三里，开滔庄河百馀丈，浚深小河二十里，开王能庄二十里，以通骆马湖口，筑塞张家等沟数十道，束水归漕。计河五十七里，名通济新河。五年四月，工成，运道从新河，无刘口、磨儿庄诸险之患。明年，总河侍郎李从心开陈沟地十里，以竟前工。